Suite

Indication d'accessibilité depuis les points


Je vais simplifier ma question pour être mieux compris. Supposons que ma zone d'étude soit constituée des colonies A et B. Elles ont toutes les deux la même population (1000 personnes chacune). Chaque colonie a été convertie en raster puis en point. Supposons que chaque localité a 100 points (chaque point correspond à 10 personnes donc un champ de population a été ajouté et rempli). Le rayon maximum de la distance de marche est de 3000 mètres. L'emplacement 2 est accessible par de nombreux points de A et beaucoup de B (par exemple 100), l'emplacement 1 est accessible par beaucoup de A et peu de B (par exemple 60) et l'emplacement 3 n'est accessible par aucun de A et beaucoup de B (par exemple 40 ). Je souhaite afficher une sortie raster (visuellement similaire à une carte de densité) où chaque cellule se voit attribuer une valeur qui correspond au nombre de points pouvant y accéder dans un rayon de 3000 mètres.

En réalité, la forme des colonies est complexe et la population est différente. La question est "accessibilité" et j'ai d'abord pensé que je voulais une sortie "densité de points", mais j'ai réalisé qu'elle ne montre pas ce que je veux. Connaissez-vous un outil qui pourrait aider à cet égard?


Si je comprends bien vos données, cela pourrait fonctionner. En supposant que vous ayez un fichier de forme de point avec chaque point, n'importe où sur votre modèle, cela représente 10 personnes. Ensuite, vous souhaiterez peut-être créer une "grille" de polygones à l'aide de l'outil de résille. Ensuite, vous pouvez créer un tampon avec les 3000 mètres pour votre grille (ne pas dissoudre votre sortie). À ce stade, il serait préférable d'utiliser votre raster de configuration, si chaque cellule peut représenter la population, que les statistiques zonales peuvent additionner la valeur de la population pour chaque tampon, qui découle de votre grille (cela devrait donner un raster).

Sinon, vous pouvez utiliser le générateur de modèles pour itérer sur les lignes de votre fichier de forme de tampon ; Pour chaque ligne, vous devez utiliser sélectionner par emplacement les points contenus dans la zone tampon, puis résumer l'entité sélectionnée, soit en additionnant les valeurs de population, soit par 10 fois (si chaque point représente 10 personnes). Ensuite, vous pouvez joindre la table tampon à sa grille de quadrillage d'origine (probablement avec ID a le PK et FK), et pixelliser la grille. Utilisez le champ de statistiques pour donner des valeurs aux cellules raster.

Les deux méthodes devraient fonctionner, la première serait plus simple et plus rapide, si vous pouvez organiser les données raster comme décrit. Bonne chance


Études environnementales (2020 - 2022)

ENVST-UA 100, 101 et 900 sont requis pour la majeure en études environnementales ENVST-UA 100 et 101 sont requis pour la mineure.

Science des systèmes environnementaux
ENVST-UA 100 Offert chaque automne. Bell, Hayek, Killilea, McDermid. 4 points.
Enquête sur les problèmes critiques, y compris : la population humaine les cycles chimiques mondiaux les écosystèmes et la biodiversité les espèces et la faune menacées la nature préserve les flux d'énergie dans la nature l'agriculture et l'environnement les combustibles fossiles aux formes renouvelables les eaux et l'atmosphère de la terre le dioxyde de carbone et le réchauffement climatique les environnements urbains les déchets les chemins vers un développement durable avenir. Couvre le matériel exigeant pour préparer les étudiants aux cours de niveau supérieur.

Environnement et société
ENVST-UA 101 ou SOCS-SHU 135 Offert chaque printemps. Carlson, Jamieson, Jerolmack, Kanter, Rademacher, Schlottmann. 4 points.
Enquête sur les concepts centraux, y compris : histoire environnementale nature et environnement montée de l'environnementalisme scepticisme environnemental changement global anthropique population et consommation analyse de l'empreinte écologique justice environnementale biens publics et actions collectives problèmes régimes réglementaires politique environnementale mouvements et valeurs environnementaux protestation et désobéissance environnementales avenir de l'environnementalisme.

Séminaire senior en études environnementales
ENVST-UA 900 Prérequis : ouvert uniquement aux étudiants en master ES ayant terminé les études de sciences des systèmes environnementaux (ENVST-UA 100) et d'environnement et société (ENVST-UA 101 ou SOCS-SHU 135). Offert chaque semestre. 4 points.
Intègre la recherche environnementale et la pratique professionnelle dans l'expérience de la dernière année, enseigne la pensée critique et intégrative et améliore la création de communautés et de cohortes.


SIG au CDC

Découvrez comment les groupes suivants du CDC utilisent les SIG, la géographie et la science géospatiale dans leur travail.

Programme de recherche, d'analyse et de services géospatiales (GRASP)

Le Programme de recherche, d'analyse et de services géospatiales (GRASP) est une équipe d'experts en sciences géospatiales, en technologie, en visualisation, en analyse et en santé publique au sein du Agence pour le registre des substances toxiques et des maladies (ATSDR) et CDC. GRASP soutient les efforts de l'agence pour examiner la relation entre endroit et santé afin de promouvoir la santé et de prévenir les maladies. La mission du GRASP est de fournir un leadership, une expertise et une formation dans l'application des la géographie, science géospatiale, et systèmes d'information géographique (SIG) à la recherche et à la pratique en santé publique. GRASP travaille avec un large éventail de partenaires à travers le CDC/ATSDR et parmi les membres de la communauté de la santé publique au sens large pour faire progresser l'application de la science géospatiale et du SIG dans la recherche et la pratique en santé publique.

La Division de traduction du diabète utilise la cartographie du système d'information géographique dans la surveillance du diabète et de ses facteurs de risque et résultats connexes. Dans le système de surveillance du diabète des États-Unis (USDSS), les données de surveillance au niveau des États et des comtés sont affichées dans un atlas interactif en ligne qui permet aux utilisateurs de visualiser les modèles géographiques et d'examiner les tendances au fil du temps aux États-Unis et dans les États. La plupart des estimations des États sont calculées à l'aide des données du système de surveillance des facteurs de risque comportemental (BRFSS), et les estimations au niveau des comtés sont créées en appliquant des techniques de modélisation bayésienne à plusieurs niveaux aux données BRFSS. De plus, l'USDSS comprend des estimations nationales dérivées de diverses sources de données.

La Division de la prévention des maladies cardiaques et des accidents vasculaires cérébraux applique le SIG et la science géospatiale pour la surveillance et la documentation des composantes géographiques des maladies cardiaques, des accidents vasculaires cérébraux et de leurs facteurs de risque. La Division fournit des cartes nationales et l'Atlas interactif des maladies cardiaques et des accidents vasculaires cérébraux pour documenter les maladies cardiaques, les accidents vasculaires cérébraux et les déterminants sociaux de la santé liés à ces résultats. De plus, la Division gère le Chronic Disease GIS Exchange, un site Web dédié à l'exploration et au partage de ressources et de cartes utilisées pour éclairer les programmes et les politiques de prévention des maladies chroniques. Ils financent les départements de santé des États et locaux pour apprendre l'utilisation du SIG à travers le projet de renforcement des capacités SIG entre les départements de santé des États et locaux. Ils utilisent également la science géospatiale pour mener des études spatiales et spatio-temporelles de la morbidité et de la mortalité des maladies cardiaques et des accidents vasculaires cérébraux, et de leurs corrélats.

Équipe des méthodes analytiques

L'équipe des méthodes analytiques de la Division de la santé des populations est composée de deux géographes, d'un statisticien et de trois épidémiologistes dont l'objectif principal est le développement et l'application de méthodes géospatiales et statistiques pour l'épidémiologie des maladies chroniques. L'équipe utilise une variété de techniques et d'outils, notamment l'estimation sur de petites zones, l'accessibilité et la quantification spatiales, l'analyse à plusieurs niveaux, la cartographie bayésienne des maladies, les statistiques spatiales, l'analyse spatiale et les systèmes d'information géographique. L'équipe se concentre sur les facteurs de risque de maladies chroniques et les résultats pour la santé de la population, mais travaille également en collaboration avec d'autres programmes à travers le CDC.

Les recherches récentes et en cours comprennent :

  • Accessibilité géographique aux débits de boissons établis aux États-Unis
  • Accès géographique basé sur la population aux spécialistes des soins de santé
  • Explications de la variation géographique de la durée du sommeil
  • Explications de la variation géographique de la prévalence de la MPOC
  • Variations au niveau du comté dans plusieurs maladies chroniques parmi les bénéficiaires de Medicare
  • Impact des changements dans la densité des débits d'alcool et des crimes violents à Buckhead (Atlanta, GA)
  • Association entre l'exposition au bruit des aéroports et l'insuffisance de sommeil autodéclarée
  • Estimation sur petite zone

L'équipe a récemment reçu une subvention de deux ans (prolongée de deux ans) de la Fondation Robert Wood Johnson, via la Fondation CDC, pour produire des estimations sur de petites zones au niveau des secteurs de recensement des principales maladies chroniques et des facteurs de risque associés et des services de santé préventifs. pour les 500 plus grandes villes américaines (https://www.cdc.gov/500cities). L'équipe gère également le projet d'indicateurs des maladies chroniques (https://www.cdc.gov/cdi).

CDC&rsquos Division of Reproductive Health (DRH) se concentre sur les questions liées à la santé reproductive, maternelle et infantile. DRH se consacre à l'amélioration de la vie des femmes, des enfants et des familles par le biais de la recherche, de la surveillance de la santé publique, de l'assistance scientifique et des partenariats. Activités et programmes&mdash traitant de sujets allant de la mortalité infantile à la dépression post-partum&mdashfournissent un soutien aux organisations, institutions, prestataires et consommateurs aux États-Unis et dans le monde.

Un élément clé du travail de DRH&rsquos est la collecte et l'analyse d'une vaste collection de données liées à la santé reproductive, maternelle et infantile. Les scientifiques de DRH intègrent dès le début des méthodologies géostatistiques et des visualisations cartographiques dans leurs études de recherche, de planification et de sciences appliquées pour étudier et envisager les aspects géographiques de ces données.

SIG pour surveiller la propagation spatiale des épidémies de méningite et évaluer les relations spatio-temporelles de Neisseria meningitidis et les facteurs climatiques

La Division des maladies bactériennes applique régulièrement la cartographie SIG pour surveiller la propagation spatiale des épidémies de méningite au niveau des districts et des sous-districts de la ceinture méningitique d'Afrique pour éclairer les stratégies de riposte aux épidémies, en particulier pour identifier les ressources (par exemple, communiquer les régions touchées et les besoins de décision fabricants) et se coordonner avec les partenaires internationaux. La Division dirige le consortium MenAfriNet qui aide les ministères de la Santé à intégrer les capacités SIG dans la surveillance de routine afin de renforcer la détection et la riposte aux épidémies. La Division, en collaboration avec le Centre de Recherche Médicale et Sanitaire, le Ministère de la Santé du Niger et l'Administration Nationale Océanique et Atmosphérique, utilise la science géospatiale pour comprendre les caractéristiques épidémiologiques, spatiales et temporelles d'une souche épidémique émergente de Neisseria meningitidis le sérogroupe C ainsi que sa relation entre son incidence et les facteurs climatiques dans la région de Dosso au Niger au niveau du sous-district (aire de santé) de 2002 à 2015. Ces travaux contribueront à une meilleure efficacité de détection et de réponse aux épidémies de méningite, et informer le ciblage des campagnes de vaccination réactives.

La Direction générale de la santé des voyageurs de la DGMQ utilise les SIG et les cartes de plusieurs façons pour informer les voyageurs et les cliniciens des maladies importantes pour les voyages internationaux. L'une des principales utilisations des cartes est le livre jaune. Le CDC Health Information for International Travel, mieux connu sous le nom de &ldquoThe Yellow Book,&rdquo est une ressource de confiance pour les informations sur la santé des voyageurs depuis 1967. Il est publié tous les 2 ans et, à chaque nouvelle édition, de nouvelles cartes sont conçues et produites. Le livre vise à informer les cliniciens en santé-voyage des dernières recommandations en matière de santé concernant diverses maladies et risques pour la santé. Pour la dernière édition, les cartes ont été créées à l'aide d'ArcGIS Desktop Advanced 10.2 avec l'extension Spatial Analyst Adobe Photoshop et Adobe Illustrator.

Le Livre Jaune 2016 contient 60 cartes :

  • 17 cartes mondiales ou continentales des maladies
  • 15 cartes de paludisme spécifiques à chaque pays
  • 10 cartes de fièvre jaune spécifiques à chaque pays
  • 18 cartes de destinations

Lien vers la page Travellers Health : http://wwwnc.cdc.gov/travel/.

Le Centre national de prévention du VIH/sida, des hépatites virales, des MST et de la tuberculose (NCHHSTP) AtlasPlus est le guichet unique pour les données de surveillance les plus récentes du CDC sur le VIH, les hépatites virales, les MST et la tuberculose, ainsi que les données sur ces maladies. aux niveaux national, étatique et départemental, et par population, remontant à 2000 pour la plupart des variables.


Cours de niveau supérieur pour la majeure et la mineure en biologie

Méthodes écologiques sur le terrain
BIOL-UA 16 Prérequis : Principes de Biologie I, II (BIOL-UA 11, 12) Prérequis ou corequis : Fondamentaux d'Ecologie (BIOL UA-63). Conférence. Offert à l'automne. Schneider-Paolantonio. 4 points.
Enseigne les compétences nécessaires pour concevoir et mettre en œuvre des expériences sur le terrain, interpréter des données et présenter des recherches écologiques. En étudiant des habitats réels (forêts, marais salants, paysages urbains), les élèves réalisent des relevés biologiques et mesurent des paramètres abiotiques. Les techniques écologiques sont imbriquées dans des questions de biodiversité et de structure communautaire, de biologie des invasions, d'écologie urbaine, de modification de l'habitat et de changement climatique. Le cours se déroule sur des sites hors campus environ la moitié du temps.

Anatomie des vertébrés
BIOL-UA 23 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Cours magistral et laboratoire. Offert au printemps. Galifianakis. 4 points.
Étude du développement évolutif des animaux à colonne vertébrale, avec un accent sur les mammifères. Traite les principaux systèmes d'organes des groupes de vertébrés, en mettant l'accent sur les interprétations structurales-fonctionnelles. Le travail de laboratoire comprend une dissection détaillée de vertébrés représentatifs. Des visites sur le terrain au Musée américain d'histoire naturelle aident à illustrer certains des sujets.

Physiologie
BIOL-UA 25 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire II (BIOL-UA 22). Cours magistral et laboratoire. Offert à l'automne. Galifianakis. 4 points.
Approche comparative de la physiologie des vertébrés et des invertébrés. Concentrez-vous sur l'intégration physiologique des systèmes organiques, les mécanismes cellulaires/moléculaires sous-jacents et l'adaptation. Les sujets spéciaux incluent: la physiologie humaine dans les environnements extrêmes (haute altitude et plongée), une analyse détaillée de la vision des mammifères, du sommeil et de l'hibernation des animaux, et la physiologie comparée des animaux qui vivent dans les sources hydrothermales des grands fonds. Le laboratoire comprend des expériences de physiologie traditionnelles, ainsi qu'une introduction à la bioinformatique.

Biologie du développement
BIOL-UA 26 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert au printemps. Birnbaum, Christiaen. 4 points.
Couvre la base cellulaire et moléculaire des modèles dans l'embryon, la détermination du destin cellulaire, la différenciation cellulaire, les gènes contrôlant ces événements, et la manière dont ils sont identifiés et étudiés les protéines cellulaires qui affectent la forme, le mouvement et la signalisation entre les cellules. Un accent particulier est mis sur la base expérimentale de la connaissance de ces sujets à partir d'études sur les mouches des fruits, les nématodes, les grenouilles, les plantes et les souris.

Au banc : physiologie expérimentale
BIOL-UA 27 Prérequis : Principes de physiologie animale (BIOL-UA 25). Offert au printemps. Galifianakis. 4 points.
Couvre trois thèmes en physiologie expérimentale : les systèmes moléculaires et cellulaires le contrôle nerveux et endocrinien des systèmes des organes et du corps. La structure et la fonction de base de chaque système sont examinées dans un cadre expérimental pour démontrer comment un système particulier contribue au maintien de l'homéostasie. Grâce à des expériences conçues par les étudiants, présente les fondements techniques de la conception expérimentale, de l'analyse des données critiques et de la modélisation.

La génétique
BIOL-UA 30 Co-requis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Conférence et récitation. Offert à l'automne. Rushlow. 4 points.
Couverture introductive de la génétique classique, de la structure et de la mutation des chromosomes, de la fonction et de la régulation des gènes et des aspects de la génétique moléculaire et du développement. Des études récentes en génétique humaine et leurs applications sont également discutées.

Au Bench : Laboratoire de Génétique
BIOL-UA 31 Prérequis ou corequis : Biologie moléculaire et cellulaire I (BIOL-UA 21) et Génétique (BIOL-UA 30). Laboratoire. Offert à l'automne. Osmundson. 4 points.
Les élèves caractérisent les mutants génétiquement et phénotypiquement. Analyses de dominance, de liaison, de recombinaison, d'effets de dosage et de complémentation, suivies d'approches génétiques rendues possibles par la disponibilité de séquences génomiques complètes (génomique). Remarque spéciale : bien que le cours ait lieu aux heures indiquées (comme décrit sur Albert) et que la présence au début de chaque session de cours soit obligatoire, la nature biologique du travail peut nécessiter un certain temps de laboratoire en dehors de la session de laboratoire prévue.

Structure et fonction des gènes
BIOL-UA 32 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert au printemps. Broyde. 4 points.
Examen intermédiaire de la base moléculaire de l'action des gènes chez les virus, les procaryotes et les eucaryotes. Couvre des sujets tirés des domaines suivants ou d'autres travaux en cours : structure et organisation du matériel génétique, réplication, réparation, transcription, traduction, recombinaison, oncogenèse et régulation de l'expression des gènes.

Au banc : biologie cellulaire appliquée
BIOL-UA 37 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire II (BIOL-UA 22). Laboratoire. Offert au printemps. Bronzer. 4 points.
Introduction à la méthodologie utilisée pour étudier la structure et la fonction cellulaire. Les fondamentaux de la biologie cellulaire et les approches expérimentales utilisées pour examiner la cellule. Les sujets expérimentaux couvrent l'analyse biochimique de la localisation cellulaire, subcellulaire et macromoléculaire des techniques de culture cellulaire et cellulaire.

Biologie du génome
BIOL-UA 38 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire II (BIOL-UA 22). Offert chaque année. Gunsalus. 4 points.
Grâce en grande partie au projet du génome humain, la capacité de collecter de grandes quantités de séquences à l'échelle du génome et de données fonctionnelles (génomique) et de les analyser informatiquement (bioinformatique) permet de nouvelles approches aux questions sans réponse et de poser de nouvelles questions sur la biologie des génomes . La connaissance de ces domaines est cruciale pour la prochaine génération de scientifiques et de penseurs dans des domaines tels que les politiques publiques, la médecine, la santé et l'environnement.

Biostatistique
BIOL-UA 42 Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12). Offert à l'automne et au printemps. 4 points.
Fournit une introduction à l'utilisation des méthodes statistiques pour l'analyse des données biologiques. Présente les méthodes de description et d'affichage des données, le rôle et l'utilisation de la probabilité dans la description et la compréhension des systèmes vivants, les tests d'hypothèses et la façon de concevoir des expériences. Les données biologiques et R, un progiciel statistique gratuit et open source, sont utilisés pour maîtriser ces outils.

Microbiologie et génomique microbienne
BIOL-UA 44 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert à l'automne. Eichenberger. 4 points.
Destiné aux majors et aux mineurs en biologie en tant que description complète des microbes, les organismes les plus abondants et les plus diversifiés de la planète. Organisé en quatre modules : la cellule microbienne, la génomique microbienne, le développement et l'adaptation microbienne, et les interactions microbiennes avec l'hôte et l'environnement. À travers des conférences et une analyse critique de la littérature primaire, les étudiants examinent comment l'avènement de la génomique a révolutionné la microbiologie, une discipline scientifique vieille de plus d'un siècle.

Biostatistique et génétique humaine
BIOL-UA 45 Anciennement Méthodes Quantitatives en Génétique Humaine. Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert chaque année. Gresham. 4 points.
Introduction au génome humain et aux méthodes statistiques nécessaires à son étude. Concepts fondamentaux de la génétique humaine : héritage de la maladie mendélienne, génétique des populations, maladie multifactorielle et génomique fonctionnelle.Introduction aux concepts et outils statistiques nécessaires pour étudier l'hérédité, les gènes et la fonction des gènes, y compris la probabilité et la probabilité conditionnelle, les tests d'hypothèse, l'ANOVA, la régression, la corrélation, la probabilité et l'analyse en composantes principales. Intègre des exercices hebdomadaires utilisant le langage de programmation statistique R.

Immunologie
BIOL-UA 50 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire II (BIOL-UA 22). Offert à l'automne. Reiss. 4 points.
Introduction à l'immunologie, avec une attention particulière à la génétique et à la biologie moléculaire et cellulaire de la production d'anticorps, des réponses immunitaires à médiation par les lymphocytes T et de l'immunité innée. Les sujets comprennent la nature des antigènes, les hypersensibilités, la transplantation, les cytokines, l'auto-immunité, le cancer, la réponse à l'infection et les vaccins.

Évolution
BIOL-UA 58 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert à l'automne. Fitch. 4 points.
Introduction à un large éventail de sujets de la pensée et de la pratique évolutionnistes modernes, y compris le contexte écologique du changement évolutif, l'interprétation des archives fossiles, les modèles d'extinction, les spéciations et les distributions biogéographiques, la variation génétique et la structure de la population, la sélection naturelle et les adaptations, la reconstruction de l'évolution histoire et phylogénie, évolution moléculaire, nouveautés évolutionnistes et évolution des systèmes de développement, et évolution humaine et problèmes sociaux.

Fondamentaux de l'écologie
BIOL-UA 63 Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12). Offert à l'automne. Schneider-Paolantonio. 4 points.
Étudie la relation entre les composants abiotiques et biotiques d'un écosystème. En s'appuyant sur une introduction aux facteurs environnementaux, les élèves examinent l'interaction entre ces composants aux niveaux de l'organisme, de la population, de la communauté et de l'écosystème. Discute des applications et des problèmes écologiques actuels, tels que la destruction de l'habitat, la durabilité, les maladies, les espèces envahissantes et le changement climatique mondial. Destiné aux étudiants se spécialisant en biologie (filière écologie) et en études environnementales.

Analyse écologique avec des systèmes d'information géographique
BIOL-UA 64 Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12). Offert au printemps. Killiléa. 4 points.
Les systèmes d'information géographique (SIG) sont des systèmes informatisés pour la capture, le stockage, la gestion, l'analyse et l'affichage de données référencées géographiquement et de leurs attributs. Met l'accent sur la maîtrise des principes de base et des applications du SIG, y compris les systèmes de coordonnées, les transformations de données, l'analyse spatiale et l'évaluation de la précision. Les exercices de laboratoire analysent des données et des exemples écologiques et fournissent une vaste expérience pratique avec ArcGIS, un progiciel SIG professionnel.

Biogéochimie du changement global
BIOL-UA 66 Identique à ENVST-UA 370. Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12) ou Sciences des Systèmes Environnementaux (ENVST-UA 100). Offert au printemps. Killiléa. 4 points.
La biogéochimie est l'étude des contrôles biologiques de la chimie de l'environnement et de la régulation géochimique de la structure et de la fonction écologiques. Utilise la littérature scientifique de revues à comité de lecture pour explorer des études de cas spécifiques (par exemple, les précipitations acides, les dépôts d'azote, l'eutrophisation des océans, etc.).

Au banc : Approches d'investigation en microbiologie
BIOL-UA 70 Préalable : Microbiologie et génomique microbienne (BIOL-UA 44) ou Immunologie (BIOL-UA 50). Offert chaque printemps. Carrozza. 4 points.
Pour les étudiants se spécialisant en biologie et ceux qui cherchent à remplir les conditions d'admission aux programmes d'études supérieures. Les élèves cultivent des bactéries à partir du sol et des produits alimentaires fermentés. Les bactéries sont isolées de ces sources et identifiées à l'aide de diverses techniques microbiologiques. Données obtenues à partir de techniques microbiologiques et comparaison de séquences d'ADN avec des bases de données informatiques utilisées pour identifier les isolats bactériens inconnus. Traite également la microbiologie appliquée comme l'analyse microbienne de l'eau et les tests de sensibilité aux antimicrobiens.

Introduction à la science neuronale
BIOL-UA 100 Identique à NEURL-UA 100. Prérequis : Principes de Biologie I (BIOL-UA 11). Ne peut pas être utilisé pour la majeure ou la mineure en biologie si BIOL-GA 1110 ou BIOL-GA 1111 est pris. Offert au printemps. Glimcher, Movshon. 4 points.
Voir la description sous science neuronale.

Bioinformatique en médecine et biologie
BIOL-UA 103 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert chaque automne. 4 points.
Grâce aux récents progrès de la technologie de génomique à haut débit, nous pouvons étudier la fonction de nombreux gènes et comparer les gènes des cellules normales par rapport aux cellules malades afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires de différentes maladies. Les étudiants apprennent à programmer en R (un puissant langage de programmation statistique), à ​​utiliser des méthodes statistiques pour analyser des données biomédicales réelles et à interpréter les résultats.

Sujets spéciaux : calcul avec des ensembles de données volumineux
BIOL-UA 120 Identique au CSCI-UA 480. Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire I (BIOL-UA 21) et Calcul I (MATH-UA 121). Bonneau. 4 points.
Voir description sous informatique.

Laboratoire Principes de Biologie
BIOL-UA 123 Co-requis : Principes de biologie II (BIOL-UA 12). Offert à chaque session de printemps et d'été II. 1 point.
Destiné aux majors non-biologie sur la piste de présanté. Familiariser l'étudiant avec les principes fondamentaux et les processus des systèmes biologiques grâce à l'application de techniques expérimentales modernes. Les exercices de laboratoire illustrent les bases de la biologie expérimentale, de la biologie moléculaire, de la biochimie et de la physiologie, ainsi que la diversité des formes de vie.

Fondamentaux de la bioinformatique
BIOL-UA 124 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert chaque année. 4 points.
La bioinformatique est le développement et l'application de méthodes informatiques et statistiques pour analyser de grands ensembles de données provenant d'expériences biologiques et médicales. Introduction aux concepts fondamentaux des grandes branches de la bioinformatique, de l'étude des séquences d'ADN à l'étude de la structure macromoléculaire à la détection de l'activité différentielle des gènes. Les étudiants effectuent des analyses pratiques de données accessibles au public. Il n'y a pas d'applications logicielles open source de programmation informatique utilisées pour illustrer les concepts et enseigner aux étudiants les compétences de base.

Au banc : l'épigénétique
BIOL-UA 130 Anciennement Au Banc : Chimie Biologique - Des Génomes Aux Machines Moléculaires. Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21) et Chimie Organique I, II et Laboratoires (CHEM-UA 225, 226). Offert chaque automne. 4 points.
Utiliser des approches biochimiques et génétiques avec la levure Saccharomyces cerevisiae, les étudiants caractérisent un grand complexe protéique multi-sous-unités qui modifie la chromatine et est impliqué dans la régulation des gènes. La chromatographie d'affinité est utilisée pour produire des préparations purifiées de complexes de protéines de type sauvage et mutantes. Les techniques biochimiques comprennent : SDS-PAGE colorée à l'argent, western blot, dosage enzymatique colorimétrique et dosages d'interactions protéiques. Des expériences génétiques évaluent l'importance du complexe protéique dans la croissance cellulaire et la régulation des gènes dans la cellule.

Au banc : Immunologie
BIOL-UA 150 Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire II (BIOL-UA 22) et l'un des suivants : Principes de physiologie animale (BIOL-UA 25) ou Microbiologie et génomique microbienne (BIOL-UA 44) ou Immunologie (BIOL-UA 50). Offert à l'automne. Galifianakis. 4 points.
Les conférences fournissent des informations sur les cellules immunitaires et leur rôle dans les réponses immunitaires innées et adaptatives la fonction, la structure, les types et le développement des anticorps et les mécanismes derrière leurs effets le mécanisme du stress et le rôle du cortisol et du système nerveux dans la réponse au stress. Les laboratoires se concentrent sur les méthodes immunologiques utilisant des anticorps. Les étudiants collectent et analysent des données, réalisent un projet de recherche et développent les compétences requises pour lire, présenter et rédiger des articles scientifiques.

Neurosciences cellulaires et moléculaires
BIOL-UA 201 Identique à NEURL-UA 210. Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire I (BIOL-UA 21), Introduction à la science neuronale (BIOL-UA 100) et Chimie organique I et laboratoire (CHEM-UA 225). Offert à l'automne. Aoki, Carter, Klann, Reyes. 4 points.
Voir la description sous science neuronale.

Neurosciences comportementales et intégratives
BIOL-UA 202 Identique à NEURL-UA 220, PSYCH-UA 52. Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire I (BIOL-UA 21) et Introduction aux sciences neuronales (BIOL-UA 100). Offert au printemps. Constantinople, Kiani, Perón, Pesaran. 4 points.
Voir la description sous science neuronale.

Laboratoire de biologie moléculaire et cellulaire
BIOL-UA 223 Co-requis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert chaque automne. 1 point.
Applique les concepts appris dans le cours de biologie moléculaire et cellulaire (BIOL-UA 21) à un projet de recherche en biologie moléculaire. Présente aux étudiants des techniques génétiques et biochimiques standard telles que l'isolement de l'ADN, l'électrophorèse sur gel d'agarose et la transformation. Fournit aux étudiants une compréhension pratique de la façon dont la technologie moderne de séquençage de l'ADN, ainsi que les outils bioinformatiques, peuvent être utilisés pour découvrir les différences génétiques et comprendre la fonction cellulaire.

Mathématiques en médecine et biologie
BIOL-UA 255 Identique à MATH-UA 255. Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire I (BIOL-UA 21) et un semestre de calcul. Peskin, Tranchine. 4 points.
Discussion de sujets d'importance médicale utilisant les mathématiques comme outil : contrôle du cœur, principes optimaux dans le poumon, membranes cellulaires, électrophysiologie, échange à contre-courant dans le rein, équilibre acido-basique, muscle, cathétérisme cardiaque et diagnostic informatique. Le matériel des sciences physiques est introduit et développé.

Les ordinateurs en médecine et en biologie
BIOL-UA 256 Identique à MATH-UA 256. Prérequis : Mathématiques en médecine et biologie (BIOL-UA 255). Recommandé : familiarité avec un langage de programmation. Peskin, Tranchine. 4 points.
Initie les étudiants en biologie ou en mathématiques à l'utilisation des ordinateurs comme outils de modélisation des phénomènes physiologiques. Chaque élève construit deux modèles informatiques choisis parmi les suivants : circulation, échange gazeux dans les poumons, contrôle du volume cellulaire et mécanisme de contre-courant rénal.

Neurobiologie : gènes, neurones et comportement
BIOL-UA 310 Prérequis : Principes de Biologie I, II (BIOL-UA 11, 12) et Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert un été sur deux. 4 points.
Commence par une introduction à la fonction et à la communication neuronales, puis se tourne vers une étude du fonctionnement des neurones dans la perception sensorielle (par exemple, l'olfaction) et le comportement (par exemple, les rythmes circadiens). Met en évidence le rôle de la génétique dans l'identification des gènes clés et dans la manipulation de neurones spécifiques pour comprendre leur fonction en introduisant des articles classiques de la littérature primaire. Les étudiants apprennent également à concevoir de nouvelles expériences basées sur ces documents. Se termine par des exemples de pathologies du système nerveux humain avec leurs bases génétiques.

Métro de New York
BIOL-UA 327 Identique à ENVST-UA 327. Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12) ou Sciences des Systèmes Environnementaux (ENVST-UA 100). Offert au printemps. Schneider-Paolantonio. 4 points.
Enquête sur la vie et les ressources sous New York, en mettant l'accent sur l'énergie, les transports et l'eau (potable et déchets). Conclut avec les composants biotiques du fascinant environnement souterrain dendritique de New York. Comprend une collecte de données pratique et des visites sur le terrain (y compris une visite sur le terrain d'une journée).

Sujets d'actualité en science du système terrestre : extinctions massives, processus géologiques et évolution
BIOL-UA 332 Identique à ENVST-UA 332. Prérequis : Principes de Biologie II (BIOL-UA 12). Offert au printemps. Rampino. 4 points.
Voir la description sous études environnementales.

Écologie urbaine
BIOL-UA 390 Identique à ENVST-UA 390. Prérequis : Fondamentaux d'Ecologie (BIOL-UA 63/ENVST-UA 325). Offert au printemps. Schneider-Paolantonio. 4 points.
Les villes sont uniques par rapport aux autres systèmes en termes d'hydrologie, de température, de bruit, de qualité de l'air et de nombreux autres facteurs abiotiques. Étudie les conséquences des constructions urbaines sur les systèmes écologiques. Sujets : cycle des nutriments, comportement et phénologie des organismes, maladies, facteurs et modèles de biodiversité dans les systèmes urbains, espaces verts, planification urbaine et avenir de ces paysages artificiels en expansion.

Au banc : l'écologie des maladies
BIOL-UA 500 Anciennement Analyse environnementale et moléculaire des maladies. Prérequis : Fondamentaux d'Ecologie (BIOL-UA 63) ou Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Laboratoire. Offert à l'automne. Killilea, Nikolaï. 4 points.
Déterminants environnementaux des vecteurs de maladies et techniques moléculaires utilisées pour mesurer la prévalence d'un agent pathogène dans ces vecteurs. Les étudiants mènent un projet de recherche d'un semestre sur la maladie de Lyme, la maladie à transmission vectorielle la plus répandue aux États-Unis, afin de déterminer la prévalence de Borrelia burgdorferi (l'agent causal de la maladie de Lyme) dans les populations de tiques des forêts locales. Combine la collecte sur le terrain, le travail en laboratoire et les modèles épidémiologiques.

Biodiversité virale et évolution
BIOL-UA 505 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert au printemps. 4 points.
L'entité la plus dominante sur la planète est le virus. Les virus sont les parasites ultimes mais jouent également un rôle unique dans le remodelage des génomes des hôtes qu'ils infectent. Grâce à une combinaison de conférences et de discussions sur la littérature scientifique, ce cours examinera la diversité qui existe dans la virosphère, y compris les dernières découvertes de virus. Couvre les principes de l'évolution du virus, l'émergence de nouvelles souches, l'adaptation à de nouveaux hôtes et la dynamique de transmission.

Biologie du cancer
BIOL-UA 530 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire II (BIOL-UA 22). Offert au printemps. 4 points.
Couvre les mécanismes fondamentaux de l'émergence et de l'évolution du cancer. Cela a conduit à des découvertes importantes et à des améliorations thérapeutiques, mais un remède définitif reste insaisissable. Les sujets comprennent : les mécanismes moléculaires et cellulaires fondamentaux derrière l'initiation des tumeurs comment les tumeurs évoluent comment le processus évolutif est en grande partie responsable des difficultés à éradiquer le cancer comment la recherche fondamentale a permis de nouvelles approches thérapeutiques qui nous rapprochent de la guérison du cancer.

Sciences végétales et biotechnologie
BIOL-UA 560 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert au printemps. 4 points.
Se concentre sur la biologie organique et moléculaire des plantes en mettant l'accent sur des sujets qui ont un impact direct sur les défis sociétaux imminents. Vise à fournir une base scientifique pour comprendre des approches souvent controversées, comme l'introduction de la photosynthèse C4 dans les cultures pour stabiliser la production alimentaire. Le matériel intègre des concepts de génétique et de biologie moléculaire. Met l'accent sur le développement des compétences de communication scientifique rigoureuses nécessaires pour une carrière dans la recherche et la médecine.

Zoologie évolutive
BIOL-UA 700 Prérequis : Biologie moléculaire et cellulaire II (BIOL-UA 22) ou Fondements de l'écologie (BIOL-UA 63) ou Introduction aux sciences neuronales (BIOL-UA 100). Conférence. Rockman. 4 points.
Introduction à la diversité des formes et des fonctions animales dans le contexte de la phylogénie et de l'évolution, avec un focus sur les invertébrés, la majorité des animaux. Attention consacrée alternativement aux branches individuelles de l'arbre des animaux et aux thèmes communs dans la façon dont les animaux ont évolué pour s'adapter et façonner leur environnement. Sujets : morphologie, physiologie, reproduction, développement et écologie caractéristiques génomiques et moléculaires de chaque branche de la vie animale et intersections des animaux avec les intérêts humains, y compris la zoologie économique, les services écosystémiques et la médecine.

Signalisation dans les systèmes biologiques
BIOL-UA 970 Prérequis : Biologie Moléculaire et Cellulaire I (BIOL-UA 21). Offert au printemps. Blau. 4 points.
Introduit la lecture et l'analyse d'articles sur la signalisation de la littérature primaire. Ces articles couvrent un large éventail de différents systèmes de modèles biologiques. Tient compte de l'éthique scientifique, de la rédaction de propositions de bourses et d'articles, de la présentation de présentations et de la sécurité en laboratoire. Donne aux étudiants les compétences nécessaires pour une recherche indépendante.

Laboratoire des principes de biologie à Londres
BIOL-UA 9123 Identique au BIOL-UA 123, avec les mêmes prérequis/co-requis et exigences. 1 point.

Laboratoire des principes de biologie à Sydney
BIOL-UA 9123 Identique au BIOL-UA 123, avec les mêmes prérequis/corequis et exigences. 1 point.


Résultats

Différentes mesures d'impédance de voyage

La distance euclidienne médiane des complexes à l'établissement de santé le plus proche était de moins de 1 km et de moins de 10 km à l'établissement de CEMOC le plus proche (tableau 3). Les distances du réseau étaient plus longues que les distances euclidiennes en partie parce que cette mesure inclut les distances vers et depuis le réseau routier (tableau 3). Le temps médian du réseau mécanisé (c. Les méthodes raster ont produit des temps de trajet plus longs que la méthode du réseau, cela est probablement dû à l'utilisation de la carte topographique GlobCover, qui a des valeurs d'impédance plus élevées (vitesses plus lentes) pour les déplacements hors route que le modèle de réseau où nous avons utilisé une vitesse fixe de 2 km /h.

La distance euclidienne médiane entre les villages d'origine et l'installation de livraison la plus proche était de 5,7 km. La distance médiane jusqu'à l'installation de livraison la plus proche était inférieure à 1 km des concessions (tableau 3). Cependant, la médiane de tous les villages ne doit pas être comparée à la médiane de toutes les concessions, car il y a beaucoup plus de concessions que de villages, et les grands villages avec de nombreuses concessions sont plus susceptibles d'avoir également un établissement de santé, ce qui conduit à une distance médiane plus courte et temps de trajet pour les mesures depuis l'enceinte. Une comparaison équitable des mesures de l'enceinte aux mesures du village est effectuée dans l'ensemble de données de surveillance des naissances des 169 villages avec les deux coordonnées (voir ci-dessous, erreur d'agrégation spatiale).

Les distances jusqu'à l'installation CEmOC la plus proche étaient plus de 10 km plus longues et les temps de trajet mécanisés 2 à 2,5 fois plus longs que jusqu'à l'installation de livraison la plus proche. Par exemple, la distance médiane du réseau entre le village et le CEmOC le plus proche était de 19,4 km contre 7,3 km jusqu'au centre de livraison le plus proche. Les temps de trajet non mécanisés (c'est-à-dire à pied) étaient beaucoup plus longs vers les installations de SOUC que vers les installations de livraison en général : marcher de sa concession le long du réseau routier jusqu'à l'installation de livraison la plus proche prendrait en moyenne 30 minutes, alors que marcher jusqu'à l'installation de SOUC la plus proche prendrait près de 3 heures (tableau 3).

À l'exception des mesures mécanisées, les coefficients de Spearman ont montré que les mesures de distance et de temps de trajet étaient fortement corrélées les unes aux autres (r > 0,89, tableaux 4 & 5). La corrélation entre les temps de trajet intégrant les déplacements mécanisés (c'est-à-dire la conduite) avec les autres mesures était faible. La corrélation la plus élevée était entre la distance du réseau et le temps de marche du réseau depuis le centre de gravité du village jusqu'à l'installation CEmOC du placard (r = 0,99). Les corrélations entre les mesures ont montré un schéma similaire pour les deux origines (complexes et villages), avec des corrélations légèrement plus élevées pour les distances plus longues jusqu'aux installations de CEmOC.

La distance euclidienne a identifié la même installation de livraison la plus proche que les autres mesures, à l'exception du temps de trame mécanisé, pour environ 80% des centroïdes du village et environ 90% des composés (tableau 4).Les trois mesures basées sur le réseau ont identifié le même centre de livraison le plus proche pour plus de 97 % des villages et des concessions. Le temps raster mécanisé différait le plus, identifiant la même installation la plus proche pour le moins de villages et de complexes que les autres méthodes.

Erreur d'agrégation spatiale

Nous avons évalué l'influence de l'agrégation spatiale, c'est-à-dire en quoi l'utilisation des centroïdes de village (emplacement composé moyen) diffère de l'utilisation de l'emplacement de la population individuelle (coordonnées composées) lors du calcul de la distance et du temps de trajet jusqu'aux établissements de santé à l'aide de l'ensemble de données de surveillance (9 306 naissances). Les coefficients de corrélation entre les deux options étaient élevés pour la plupart des mesures (r >0,82, tableau 6). Le même centre d'accouchement a été identifié comme le plus proche dans plus de 85 % des naissances et le même centre de SOUC dans plus de 97 % des naissances (tableau 6).

L'écart de distance absolu moyen (en comparant les distances des concessions et des villages) pour la mesure euclidienne était de 250 m jusqu'à l'installation de livraison la plus proche et de 300 m jusqu'à l'installation CEmOC la plus proche (tableau 7). Il y avait une plus grande différence dans les estimations de distance du réseau, 380 m jusqu'à l'installation de livraison la plus proche et 460 m jusqu'à l'installation CEmOC la plus proche. La mesure de temps raster non mécanisée a montré la plus grande différence dans les estimations de temps, avec une différence de 12 minutes par rapport à l'installation de livraison la plus proche et une différence de 14 minutes par rapport au CEmOC. Pour 90 % des naissances de l'ensemble de données de surveillance, l'écart entre les mesures calculées à partir du village et de l'enceinte était inférieur à 30 minutes pour n'importe quelle mesure du temps jusqu'à l'installation d'accouchement la plus proche et à moins de 35 minutes jusqu'à l'installation de CEMOC la plus proche. Les moyennes et les écarts types des valeurs d'impédance calculées à partir du centroïde du village et du composé dans l'ensemble de données de surveillance étaient presque exactement les mêmes (tableau 8).

Association avec l'utilisation des installations

Nous avons modélisé l'association entre chaque mesure d'impédance et l'accouchement en établissement comme un résultat binaire, avec l'hypothèse que le meilleur proxy pour l'accès aux soins montrerait l'association la plus forte avec l'utilisation d'un établissement pour l'accouchement. Les estimations des effets (rapports de cotes) pour l'utilisation des établissements étaient les mêmes pour toutes les mesures d'impédance non mécanisées de l'enceinte à l'établissement d'accouchement le plus proche (tableau 8) : les probabilités que les femmes accouchent dans un établissement de santé ont diminué de 67 % par augmentation de l'écart type (ET) dans chaque mesure jusqu'à l'établissement de livraison le plus proche (OR = 0,33). Lorsqu'il est calculé à partir du centre de gravité du village, l'effet du réseau non mécanisé et du temps raster était légèrement inférieur à celui calculé à partir du composé comme origine. Il y avait moins de preuves d'une association et d'un effet plus faible avec les mesures mécanisées des deux origines (par exemple, OR 0,91 IC à 95 % 0,65-1,27 p = 0,569 pour le temps raster mécanisé du tableau centroïde du village 8).

Nous avons modélisé séparément l'accès à n'importe quel établissement d'accouchement et l'accès aux CEMOC en raison des distances plus longues jusqu'aux établissements CEMOC, et avons constaté que les estimations des effets suivaient un schéma similaire pour les deux types d'établissements. Toutes les mesures non mécanisées suggèrent une diminution d'environ 55 % des chances d'accoucher dans un établissement de santé par augmentation de l'écart-type de mesure jusqu'au CEMOC le plus proche (des deux origines), la distance euclidienne montrant l'effet le plus important (OR = 0,41 IC à 95 % 0,33- 0,50, tableau 8). Encore une fois, les mesures du temps intégrant la conduite ont montré un effet plus faible.

En tant qu'analyse de sensibilité, nous avons également modélisé l'association de ces mesures d'impédance avec la prestation des services en utilisant des quintiles, des mesures transformées en log et binarisées, ainsi qu'un ajustement pour plusieurs facteurs de confusion potentiels (âge, parité, quintile de richesse) avec des résultats similaires (données non présentées ).


3 GESTION DES DONNÉES

De la planification et de la collecte des données sur la biodiversité à leur aptitude à l'emploi, de nombreuses étapes doivent être suivies, notamment la planification et la collecte des données, la qualité et l'aptitude à l'emploi des données, la description des données, la préservation et la publication des données, et la découverte et l'intégration des données. Ces étapes comprennent un cycle de vie de gestion des données de biodiversité, figure 1 (en haut à droite), que nous présentons dans cette section.

3.1 Planification et collecte des données

Les différentes étapes du cycle de vie de la biodiversité comprennent généralement un plan de gestion des données (DMP Michener & Jones, 2012 ) des activités de recherche sur la biodiversité. Certains organismes de financement de la recherche dans des pays comme les États-Unis exigent la soumission d'un DMP dans les soumissions aux appels à propositions de recherche. De nombreux organismes de financement exigent que les propositions comprennent un DMP. Un DMP est généralement composé de : quelles données seront collectées quels formats ou normes seront utilisés pour ces données quelles métadonnées seront fournies et dans quelle norme ou format quelles sont les politiques d'utilisation et de partage des données comment les données seront stockées et comment elles seront préservés à long terme et comment la gestion des données sera financée. L'outil DMP (Strasser, Abrams, & Cruse, 2014), par exemple, est un outil en ligne qui prend en charge la conception et la mise en œuvre d'un DMP. L'assistant de gestion des données (Pergl, Hooft, Such´anek, Knaisl et Slifka, 2019) est une application Web permettant de soutenir la création de DMP en présentant des questionnaires hiérarchiques aux gestionnaires de données, aux chercheurs et aux scientifiques des données. Ces questionnaires s'appuient sur les connaissances recueillies auprès de la communauté de gestion des données de recherche sur les meilleures pratiques pour l'élaboration des DMP.

La biodiversité concerne la variété des organismes vivants, qui peut être mesurée de plusieurs manières et à de nombreuses échelles, à partir d'un enregistrement d'un organisme observé dans un lieu géographique à une date particulière (un occurrence de l'espèce Yesson et al., 2007 ) à l'abondance relative des espèces dans un échantillon d'eau prélevé sur un site de recherche écologique à long terme (Michener, Porter, Servilla et Vanderbilt, 2011 ). Les omiques présentent également de nombreuses opportunités pour explorer la biodiversité car, par exemple, les données moléculaires d'échantillons environnementaux (Robbins et al., 2012 Wooley, Godzik, & Friedberg, 2010) peuvent être analysées dans des études de métagénomique pour identifier des traits fonctionnels et la classification taxonomique des organismes. présent en eux. Les données sur la biodiversité peuvent être collectées de diverses manières : réseaux de biocapteurs, expéditions sur le terrain, observations faites par des scientifiques citoyens, entre autres. Dans le processus de collecte, il est important d'utiliser des identifiants uniques pour le projet, l'événement d'échantillonnage, la zone d'échantillonnage et le protocole utilisé (Stocks, Stout et Shank, 2016). Ces identifiants permettront par la suite de stocker de manière cohérente les données collectées dans les bases de données sur la biodiversité. Dans la mesure du possible, les termes doivent suivre un vocabulaire ou une ontologie contrôlés, tels que l'ontologie des collections de biodiversité (BCO) (Walls et al., 2014). Ensuite, nous listons les sources de données communes qui sont utilisées pour décrire et analyser la biodiversité :

  • Occurrences d'espèces. Les occurrences d'espèces sont l'un des types de données les plus fréquemment disponibles concernant la biodiversité. Les principaux attributs d'une occurrence d'espèce sont donnés par un taxon, un lieu et une date d'occurrence. Les enregistrements d'occurrence d'espèces proviennent de différentes sources. Pour faciliter la gestion et améliorer l'accessibilité de ces informations, la plupart des institutions les maintiennent actuellement organisées dans des feuilles de calcul numériques ou dans des systèmes de bases de données relationnelles, tout en conservant des références aux spécimens physiques auxquels elles se réfèrent. Certaines institutions déploient même des efforts pour numériser les spécimens physiques. Hardisty et al. ( 2013 ) observent qu'à l'époque, seulement environ 10 % des collections d'histoire naturelle sont numérisées et que des outils sont nécessaires pour accélérer le processus. Outre les spécimens provenant de collections biologiques, les observations humaines sont une autre source d'enregistrements d'occurrences d'espèces. Ces observations ont lieu, par exemple, lors d'expéditions sur le terrain ou encore à travers des initiatives de science citoyenne (eBird (Sullivan et al., 2014 ), iNaturalist (Heberling & Isaac, 2018 )). Dans certains cas, des espèces sont maintenues dans la culture d'organismes vivants, comme de diverses collections de champignons et d'autres organismes.
  • Listes de contrôle des espèces. Les enquêtes sont souvent réalisées dans une région géographique, comme un continent (Ulloa et al., 2017 ), un pays ou un parc national, pour déterminer quelles espèces y sont présentes. Ces enquêtes aboutissent généralement à une liste de noms de taxon appelée liste de contrôle des espèces. Ils peuvent également être limités à un royaume ou à un biome particulier. Forzza et al. ( 2012 ), par exemple, décrivent comment la liste de la flore brésilienne, publiée en 2010, a été assemblée, ce qui impliquait d'agréger des informations sur les bons d'espèces à partir de systèmes d'information d'herbier et de demander à des taxonomistes de l'examiner. Le Catalogue de la vie1 regroupe plus de 100 listes de contrôle d'espèces et contient des informations sur environ 1,8 million d'espèces en 2020.
  • Données basées sur des échantillons et d'observation. Les données basées sur des échantillons sont collectées lors d'événements, qui peuvent être ponctuels ou périodiques, impliquent généralement des données environnementales et ont une large gamme et diversité de mesures. Ils peuvent impliquer, par exemple, des mesures abiotiques et des relevés de population à différentes échelles temporelles et spatiales dans des transects, des grilles et des placettes (Magnusson et al., 2013). Ils sont généralement collectés par des projets de recherche écologique à long terme (LTER) (Michener et al., 2011 ). En raison de l'hétérogénéité des données écologiques (Reichman, Jones, & Schildhauer, 2011 ), il n'existe pas de vocabulaire contrôlé largement utilisé. Certaines initiatives allant dans ce sens incluent des ontologies telles que ENVO, OBOE et BCO (Walls et al., 2014). Les outils les plus courants pour publier des données écologiques reposent sur des métadonnées pour décrire les ensembles de données tabulaires qui les composent. Ces métadonnées permettent d'enregistrer des informations générales, telles que l'identification du propriétaire de l'ensemble de données, les couvertures géographiques, temporelles et taxonomiques, ce qui facilite leur interprétation par les utilisateurs. Les métadonnées permettent également de décrire textuellement la signification de chaque colonne d'un ensemble de données tabulaire. Plus loin dans cet article, le langage de métadonnées écologiques (Fegraus, Andelman, Jones et Schildhauer, 2005), une norme de métadonnées pour les ensembles de données écologiques, sera décrit.
  • Données moléculaires. L'analyse de l'ADN, de l'ARN et des protéines a diverses applications à l'étude de la biodiversité. Les séquences génomiques obtenues directement à partir d'échantillons environnementaux contenant des communautés de micro-organismes, c'est-à-dire des métagénomes (Robbins et al., 2012), par exemple, fournissent des informations importantes pour analyser leurs caractéristiques taxonomiques et fonctionnelles. Les séquences biologiques peuvent également aider les taxonomistes (Tautz, Arctander, Minelli, Thomas et Vogler, 2003) à identifier les espèces. Les taxonomistes peuvent également utiliser de petites régions génomiques ou génétiques pour évaluer la diversité biologique dans tous les domaines de la vie. Le projet Barcode of Life (Ratnasingham & Hebert, 2007 Stockle & Hebert, 2008 ), par exemple, analyse et standardise de petites régions de gènes pour aider à identifier les espèces. Certains systèmes, tels que VoSeq (Peña & Malm, 2012), permettent de connecter des bons présents dans des collections biologiques à des séquences d'ADN présentes dans des bases de données génomiques. R. Guralnick et Hill (2009) observent que la diversité peut être mesurée plus précisément, par rapport au simple comptage du nombre d'espèces, par la façon dont les espèces sont liées phylogénétiquement. À titre d'exemples, ils évaluent la priorité de conservation des oiseaux d'Amérique du Nord en utilisant leur distinction phylogénétique et leur risque d'extinction et analysent la dispersion du virus de la grippe A en utilisant également une analyse phylogénétique.
  • Littérature académique. Une grande quantité d'informations sur la biodiversité est disponible dans la littérature académique. Les synthèses des expéditions sur le terrain ne sont souvent disponibles que dans les articles scientifiques. Les données relatives à l'échantillonnage, à la collecte et à leur analyse n'ont souvent pas été propagées dans les bases de données sur la biodiversité. Certaines initiatives, comme la Biodiversity Heritage Library (BHL Gwinn & Rinaldo, 2009 ), sont dédiées à la numérisation de la littérature historique sur la biodiversité. Si elle est couplée à des techniques d'extraction de texte, telles que la reconnaissance optique de caractères (OCR), on pourrait potentiellement extraire des informations d'articles scientifiques, tels que des noms taxonomiques (Koning, Sarkar, & Moritz, 2005), et les rendre disponibles dans des bases de données publiques.
  • Images et vidéos. Les expéditions sur le terrain pour effectuer des échantillonnages impliquent souvent la production d'images et de vidéos qui soutiennent l'analyse des sites étudiés. Dans les sections suivantes, nous décrivons Audubon Core (R. A. Morris et al., 2013 ), un vocabulaire contrôlé pour décrire les ressources multimédias associées aux données d'échantillonnage et d'occurrence d'espèces.
  • Télédétection. Selon Turner et al. (2003), la plupart des instruments de télédétection n'ont pas une résolution suffisante pour recueillir des informations sur les organismes, mais des progrès ont permis d'observer certains aspects de la biodiversité, tels que la différenciation des assemblages d'espèces et des espèces d'arbres (Clark, Roberts, & Clark, 2005 ). Ils soutiennent également que, lorsque la résolution de l'instrument est insuffisante pour l'observation directe, des méthodes indirectes peuvent être appliquées pour estimer la distribution et la richesse des espèces. Pettorelli et al. ( 2016 ) observent que de nombreux EBV pourraient être dérivés de la télédétection par satellite, qui peut fournir une surveillance régulière à l'échelle mondiale. Certains de ces EBV potentiels incluent, par exemple, la hauteur de la végétation et l'indice de surface foliaire. Il est également observé que les données satellitaires brutes pourraient être traitées par des workflows scientifiques, y compris des tâches telles que l'analyse statistique et les algorithmes de classification, pour générer des EBV. Plus récemment, (Fernández, Ferrier, Navarro et Pereira, 2020) décrivent l'intégration des observations sur site et de la télédétection via la modélisation de la biodiversité pour l'estimation de l'EBV.

Les spécimens d'herbier, par exemple, sont une ressource importante pour documenter et analyser la biodiversité, en particulier ses modèles spatiaux et temporels. Cependant, ces collections biologiques doivent subir un processus appelé numérisation, dans lequel les informations qu'elles fournissent sont converties au format électronique. Dans ce processus, un spécimen peut être photographié numériquement et les informations de ses étiquettes extraites et exportées vers une base de données. C'est une tâche difficile car il y a des centaines de millions (Soltis, 2017) de spécimens déposés dans les herbiers dans le monde et le traitement de chacun d'entre eux nécessite des efforts considérables. Haston, Cubey, Pullan, Atkins et Harris ( 2012 ) décrivent un flux de travail de numérisation appliqué au Royal Botanic Garden Edinburgh divisé en trois phases. La première phase implique la préparation des spécimens, qui est donnée, par exemple, par la sélection, le mouvement et la vérification taxonomique des spécimens. Dans la deuxième phase, les données essentielles sur le spécimen contenues dans les étiquettes, les dossiers de conservation et les sources supplémentaires sont extraites et numérisées. Certaines de ces informations peuvent également être extraites avec l'OCR appliquée aux images d'étiquettes. La troisième et dernière phase consiste à capturer des images haute résolution des spécimens qui peuvent être utilisées pour l'extraction d'informations supplémentaires avec OCR, l'évaluation et le contrôle de la qualité, et la publication en ligne pour une exploration interactive par les utilisateurs. La numérisation à haut débit est possible grâce à l'utilisation de technologies telles que les bandes transporteuses et les stations de numérisation (Borsch et al., 2020). Il est également essentiel de conserver des identifiants uniques au monde pour chaque spécimen numérisé (Güntsch et al., 2017 ), facilitant un accès cohérent aux informations et à la collecte de données par les portails et agrégateurs de biodiversité (Berendsohn et al., 2011 ). Certains exemples d'efforts de numérisation incluent iDigBio (Paul, Mast, Riccardi et Nelson, 2013), le Jardin botanique de Rio de Janeiro (Lanna et al., 2018) et les herbiers allemands (Borsch et al., 2020). Certaines tendances et orientations futures impliquent l'utilisation de l'intelligence artificielle pour automatiser certaines parties du flux de travail de numérisation, telles que l'identification automatisée de spécimens d'herbier à l'aide de méthodes d'apprentissage en profondeur (Carranza-Rojas, Goeau, Bonnet, Mata-Montero et Joly, 2017).

3.2 Qualité des données et aptitude à l'emploi

Bien que les scientifiques de la biodiversité aient sans aucun doute bénéficié du libre accès à des volumes massifs de données d'occurrence d'espèces provenant de nombreuses collections biologiques, certaines mises en garde doivent être prises en compte avant d'utiliser les données pour la modélisation. Les données ne sont pas toujours adéquates pour étudier tous les aspects des systèmes naturels, l'utilisation de données inadéquates pour étudier des aspects spécifiques de la diversité biologique peut conduire à des résultats erronés ou trompeurs (Chapman, 2005), et les enquêteurs doivent être conscients des limites inhérentes à leurs données avant de formuler des leurs questions. La disponibilité d'informations détaillées est encore très rare pour la plupart des organismes connus. Ce scénario, appelé le Déficit wallacé (Lomolino, 2004 ), est encore plus critique dans les pays mégadivers, qui restent encore largement inexplorés pour de nombreuses régions et groupes taxonomiques (J. Soberón & Peterson, 2004 ). Le manque de données suffisantes sur les espèces menacées est encore plus préoccupant, car la conception de programmes efficaces pour leur conservation nécessite des connaissances sur leur répartition géographique et leurs exigences écologiques. Cette pénurie de données, combinée à l'échantillonnage non systématique et à une qualité insuffisante, limite l'utilisation des données des collections biologiques pour de nombreuses applications envisagées, dont beaucoup nécessitent une quantité importante de données pour être disponibles (Guisan et al., 2007). En omettant de tenir compte des limites inhérentes à de telles données tout en posant et en étudiant leurs hypothèses, les chercheurs peuvent obtenir des résultats erronés ou trompeurs, affectant éventuellement le succès des politiques de gestion qui reposent sur de telles informations (Chapman, 2005).

Une définition de la qualité des données basée sur son aptitude à l'usage prévu a d'abord été proposé dans le contexte des systèmes d'information géographique (Chrisman, 1984) et a été largement adopté par la communauté informatique de la biodiversité. Selon cette définition, la qualité n'est pas un attribut absolu d'un ensemble de données, mais est plutôt donnée par son potentiel à fournir aux utilisateurs des informations précieuses, dans des contextes spécifiques. L'évaluation des attributs de qualité des données est une étape fondamentale pour toutes les applications qui pourraient les utiliser et nécessite que les utilisateurs délimitent au préalable l'objectif, la portée et les exigences de leur enquête. Les données sont considérées comme étant de haute qualité si elles conviennent à une enquête donnée. Selon l'application, les utilisateurs peuvent avoir besoin d'améliorer l'adéquation des données dont ils disposent, ce qui fait partie du processus de gestion de la qualité des données. La perte de qualité des données sur la biodiversité peut se produire au cours de plusieurs étapes de son cycle de vie (Chapman, 2005 ), y compris le moment de l'événement d'enregistrement, sa préparation avant son incorporation dans la collection, sa documentation, sa numérisation et son stockage. J. Soberón et Peterson (2004) énumèrent les problèmes courants concernant la qualité des données sur la biodiversité. Les spécimens des collections biologiques, d'où sont extraites une quantité considérable de données d'occurrence d'espèces, peuvent avoir des identifications taxonomiques incorrectes ou obsolètes. La taxonomie biologique est en constante évolution pour s'adapter aux nouvelles connaissances sur les espèces. Des erreurs de géoréférencement sont également possibles en raison d'une erreur d'annotation ou d'une inexactitude de l'instrument. Dans les anciens dossiers, en raison de l'absence de mécanismes d'évaluation précise de l'emplacement, il est courant de ne trouver que des descriptions textuelles sur l'endroit où un spécimen a été collecté.

Il est recommandé que les bases de données sur la biodiversité suivent autant que possible des vocabulaires et des normes de dénomination contrôlés afin de maintenir une cohérence interne (Chapman, 2005 ). Les coordonnées géographiques, par exemple, peuvent ne pas correspondre à la description textuelle de l'emplacement (par exemple, le nom du comté, de l'état ou du pays), ce qui entraîne des enregistrements incohérents. Lors de l'intégration de données provenant de différentes bases de données sur la biodiversité, les incohérences externes sont également un problème potentiel (Chapman, 2005 ). Ceux-ci se produisent, par exemple, lorsque les noms dans les différentes bases de données proviennent de listes tenues par différentes autorités. Ceux-ci peuvent conduire à des liens existants manquants entre les données ou même à lier les données de manière incorrecte.

L'un des objectifs de la CDB est d'établir un réseau mondial de connaissances sur la taxonomie (A. Hardisty et al., 2013 ). Les concepts taxonomiques (Berendsohn, 1995) sont souvent mal modélisés dans les bases de données sur la biodiversité. Berendsohn (1997) a développé un modèle de base de données conceptuel pour l'Organisation internationale pour l'information sur les plantes couvrant les différents aspects et concepts présents dans la taxonomie. Plusieurs outils peuvent être utilisés pour réduire ou éliminer les erreurs d'identification des espèces. Par exemple, des catalogues officiels d'espèces sont disponibles en ligne pour l'interrogation des taxons, tels que le Catalogue of Life, le World Register of Marine Species 2 et la Brazilian Flora Species List (Forzza et al., 2012 ). Ceux-ci peuvent être utilisés pour soutenir l'évaluation de la qualité des données taxonomiques des enregistrements d'occurrence. La plupart de ces catalogues sont également accessibles via des interfaces de programmation d'applications (API) disponibles via le web, permettant l'automatisation de ce type d'évaluation avec des scripts ou des applications. Il est important d'observer que faire correspondre un nom présent dans une base de données sur la biodiversité à des noms dans des listes taxonomiques ne garantit pas l'exactitude. Les noms peuvent être correctement orthographiés selon une liste taxonomique mais l'identification du spécimen peut être erronée. Dans ces cas, on a encore besoin de taxonomistes pour vérifier les identifications ou les outils qui prennent en charge l'identification automatisée (Carranza-Rojas et al., 2017 ).

Dalcin (2005) a étudié la qualité des données dans les bases de données taxonomiques, proposant des mesures et des techniques de qualité pour la prévention, la détection et la correction des erreurs à l'aide de algorithmes phonétiques, comme Soundex (D. Holmes & McCabe, 2002 ), et algorithmes de similarité de chaîne, comme la distance de Levenshtein (Levenshtein, 1966 ). Plus récemment, Rees ( 2014 ) observe que les noms taxonomiques peuvent contenir des erreurs dues à des fautes d'orthographe qui peuvent entraîner un échec dans la récupération des données. Il propose Taxamatch, une méthode d'appariement approximatif de noms taxonomiques. Il utilise une version modifiée de l'algorithme Damerau-Levenshtein Distance (Wagner & Lowrance, 1975) pour la correspondance des noms de genre et d'espèce et un algorithme phonétique pour la correspondance d'autorité. Les expériences ont montré que la méthode est capable d'identifier près de 100 % des erreurs dans les noms scientifiques des taxons. A. Hardisty et al., 2013 observent qu'il existe des études sur la biodiversité qui ne nécessitent pas de nommer les organismes. Par exemple, les études métagénomiques se concentrent sur l'analyse des échantillons pour les classer selon des traits fonctionnels identifiés par l'alignement de séquences avec des bases de données génomiques. Pour les collections qui disposent d'images numériques de leurs spécimens, une approche prometteuse consiste à utiliser des techniques d'apprentissage en profondeur (Schmidhuber, 2015 ) pour automatiser l'identification des espèces (Bonnet et al., 2018 ).

Concernant les problèmes de géoréférencement, R. Guralnick et Hill (2009) mentionnent l'importance de déterminer l'incertitude de géoréférencement des enregistrements d'occurrences et son impact sur l'échelle à laquelle les études peuvent être réalisées. Des outils tels que BioGeomancer R. P. Guralnick, Wieczorek, Beaman et Hijmans (2006) et Geolocate 3 tentent de déduire quelles sont les coordonnées géographiques d'une occurrence d'espèce à partir d'une description textuelle de l'emplacement. Otegui et Guralnick ( 2016 ) proposent une API Web qui effectue des vérifications de cohérence simples dans les enregistrements d'occurrences, telles que les coordonnées avec une valeur nulle, les coordonnées et l'identification du pays en désaccord, et les coordonnées inversées.

Veiga et al. (2017) proposent un cadre pour l'évaluation et la gestion de la qualité des données sur la biodiversité qui permet aux utilisateurs de définir leurs exigences en matière de qualité des données et lorsqu'un ensemble de données particulier est utilisable de manière standardisée. Évaluation de la qualité des données est donnée par l'évaluation de l'aptitude à l'utilisation d'un ensemble de données pour une application. Gestion de la qualité des données est défini comme le processus d'amélioration de l'aptitude à l'utilisation d'un ensemble de données. Le cadre est donné par trois composants principaux : DQ Needs, DQ Solutions, DQ Report. DQ Needs prend en charge la définition de l'utilisation prévue d'un ensemble de données, les dimensions respectives de la qualité des données, les critères acceptables pour les mesures de la qualité des données dans ces dimensions et les activités visant à améliorer la qualité des données. Les solutions DQ décrivent des mécanismes qui permettent de répondre aux exigences définies dans le composant Besoins DQ, tels que des outils qui implémentent des techniques pour améliorer les mesures de la qualité des données dans certaines dimensions. Le composant Rapport DQ décrit l'ensemble de données qui est évalué et géré par le cadre et les assertions sur cet ensemble de données décrivant les mesures ou les modifications qui lui sont appliquées comme spécifié dans les autres composants. Les auteurs envisagent une Aptitude à l'utilisation qui mettrait en œuvre ces composants et où les participants pourraient partager leurs exigences et leurs outils en matière de qualité des données. Plus récemment, P.J. Morris et al. ( 2018 ) ont étendu Kurator (Dou et al., 2012 ), une bibliothèque de workflows scientifiques de curation de données, pour rendre compte de la qualité des données en fonction du cadre de qualité des données proposé par Veiga et al. (2017).

3.3 Description des données

Dans l'étape de description, des métadonnées sont produites pour décrire les données de biodiversité. Ces métadonnées sont essentielles pour que les utilisateurs interprètent les ensembles de données qu'ils téléchargent. Dans cette section, nous décrivons les normes, pratiques et recommandations pour documenter et décrire les données sur la biodiversité.

3.3.1 Langage des métadonnées écologiques

L'Ecological Metadata Language (EML Fegraus et al., 2005) est une norme de métadonnées développée à l'origine pour la description des données écologiques. Il est également utilisé actuellement pour décrire des ensembles de données sur les observations d'espèces. La norme a plusieurs profils avec leurs champs respectifs qui peuvent être utilisés pour définir les attributs d'un ensemble de données. Un profil de description scientifique contient des champs tels que le créateur, la couverture géographique (couverture géographique), couverture temporelle (couverture temporelle), couverture taxonomique (TaxonomiqueCouverture) et le protocole d'échantillonnage (échantillonnage) utilisé. Ce profil est utilisé pour définir les attributs de l'ensemble de données dans son ensemble.

Le profil de représentation des données, à travers le table de données entité, permet de décrire les attributs d'un ensemble de données tabulaires. On peut définir les types de données de ces attributs, tels que les dates et les valeurs numériques, ainsi que leurs contraintes, telles que les valeurs minimales et maximales. Utilisés ensemble, la description scientifique et les profils de représentation des données peuvent fournir une documentation de bonne qualité pour un ensemble de données, soutenant leur interprétation significative. Les métadonnées EML sont exprimées avec le langage XML, illustré à la figure 3.

Normalement, les bases de données sur la biodiversité fournissent des outils pour éditer et produire des métadonnées dans la norme EML d'une manière plus conviviale via une interface graphique. Le référentiel DataONE (Michener et al., 2012 ), par exemple, permet aux utilisateurs de fournir des métadonnées via un outil graphique appelé Morpho (Higgins, Berkley, & Jones, 2002 ). Le même référentiel possède également une interface Web appelée Metacat (Berkley, Jones, Bojilova, & Higgins, 2001 ), qui permet de charger des données écologiques tabulaires au format libre documentées avec la norme EML. La norme EML est également utilisée pour décrire les ensembles de données sur les occurrences d'espèces et les événements d'échantillonnage, comme cela sera décrit dans la section suivante.

3.4 Conservation et publication des données

Au stade de la préservation, les ensembles de données sur la biodiversité sont publiés dans certaines bases de données, telles que DataONE et GBIF, où ils seront disponibles pour la communauté scientifique. Ces bases de données adoptent des pratiques de conservation et de gestion des données visant leur conservation et leur disponibilité sur le long terme. Il existe plusieurs procédures possibles pour la publication, dans cette section, les normes et procédures de chargement d'un ensemble de données dans une base de données sur la biodiversité seront décrites. Le workflow de publication des principaux référentiels actuels sera également décrit.

3.4.1 Noyau Darwin

Darwin Core (DwC Wieczorek et al., 2012 ) est une norme de représentation et de partage des données sur la biodiversité. La norme se compose d'une liste de termes liés à la biodiversité et de leurs définitions. Les discussions, l'évolution et la maintenance de DwC sont menées par TDWG (Biodiversity Information Standards), une association pour le développement et la promotion de normes pour l'enregistrement et l'échange de données sur la biodiversité. DwC a émergé comme un profil de terme dans le système d'analyse d'espèces de 1998 développé par l'Université du Kansas pour la gestion des collections biologiques. En 2002, il a été adopté pour l'échange d'informations dans le système d'information en réseau sur les mammifères (MaNIS), un système distribué composé de plusieurs institutions qui maintiennent des collections biologiques de mammifères. En 2009, le processus de normalisation DwC a été lancé, qui a été ratifié en octobre de la même année lors de la réunion annuelle du TDWG. DwC est basé sur la norme Dublin Core 7, tirant parti de ses termes pour la description des ressources tels que taper, modifié, et Licence, et en les complétant par des termes spécifiques à la biodiversité, tels que numéro de catalogue et nom scientifique.

Les termes de vocabulaire DwC sont organisés comme suit. Le Des classes indiquer les catégories ou entités définies dans la norme. Des exemples de classes sont : Événement, Lieu, et Taxon. Chaque classe a un ensemble de Propriétés, qui sont ses attributs. Par exemple, le Lieu la classe a des attributs tels que de campagne et décimalLatitude. Enfin, des valeurs peuvent être attribuées aux propriétés, telles que « Chili », -33,61 pour le de campagne et décimalLatitude propriétés, respectivement. Il convient de noter qu'il est recommandé que, dans la mesure du possible, les valeurs proviennent d'un vocabulaire contrôlé, dans le cas de valeurs textuelles, ou d'une norme de formatage, dans le cas de valeurs numériques ou temporelles. Par exemple, les noms d'espèces d'une liste d'espèces reconnue, comme le Catalogue de la vie. Le tableau 1 illustre la représentation des données d'occurrence des espèces avec DwC. Ces enregistrements proviennent d'un ensemble de données publié via la base de données brésilienne sur la biodiversité marine (BaMBa Meirelles et al., 2015) dans le GBIF. 8

ID occurrence date de l'événement décimalLatitude décimalLongitude nom scientifique
UCSC : VTCPoissons : 1 2002-08-01 −20.805828 −37.761231 Acanthocybium solandri (Cuvier, 1832)
UCSC:VTCFois:109 2002-08-01 −22.382222 −37.587500 Balistes vetula (Linné, 1758)
UCSC:VTCFois:178 2002-08-01 −19.848744 −38.134635 Thunnus atlanticus (Leçon, 1831)
UCSC:VTCFois:210 2002-08-01 −20.525417 −29.310350 Rhomboplites aurorubens (Cuvier, 1829)

Normalement, un jeu de données au format DwC est accompagné de métadonnées, qui sont définies dans la norme EML (Fegraus et al., 2005 ). Dans EML, des champs tels que le titre, les auteurs, la couverture géographique et temporelle de l'ensemble de données sont trouvés, ce qui aide les utilisateurs à interpréter les ensembles de données formatés dans la norme DwC.

Comme les bases de données relationnelles, les ensembles de données qui suivent le format DwC peuvent contenir plusieurs tables liées par des attributs qui leur sont communs. Une telle organisation permet, par exemple, d'exprimer également des données d'échantillon dans cette norme. Les tableaux 2 et 3 illustrent ce type d'organisation des données pour représenter l'échantillonnage des espèces. Le tableau 2 contient les événements d'échantillonnage, quatre au total. Le ID de l'événement colonne contient un identifiant pour chaque événement. Les autres colonnes décrivent respectivement la date, la latitude et la longitude de l'événement. Le tableau 3 contient le nombre d'organismes pour chaque événement. Le ID de l'événement colonne, décrit à quel événement dans le tableau 2 les décomptes se réfèrent. Par exemple, les deux premières lignes du tableau font référence à l'événement ayant l'identifiant 1, qui est associé à un échantillonnage effectué le 18 mars 2009.

ID de l'événement date de l'événement décimalLatitude décimalLongitude
1 2002-08-01 −20.805828 −37.761231
2 2002-08-01 −22.382222 −37.587500
3 2002-08-01 −19.848744 −38.134635
4 2002-08-01 −20.525417 −29.310350
ID de l'événement organismeQuantité nom scientifique
1 1 Holacanthus ciliaris (Linné, 1758)
1 3 Lutjanus vivanus (Cuvier, 1828)
2 2 Lepidocybium flavobrunneum (Smith, 1843)

Les ensembles de données sur la biodiversité formatés avec DwC peuvent être publiés dans des bases de données sur la biodiversité à l'échelle mondiale telles que le GBIF (Edwards, 2000). Le GBIF agit en tant que registre central et agrégateur pour les ensembles de données publiés par ses nœuds nationaux et organisationnels en utilisant le Boîte à outils de publication intégrée (IPT Robertson et al., 2014). Le workflow de publication comprend les étapes suivantes : (i) mapper la représentation interne des données sur la biodiversité au format DwC et les extraire (ii) ajouter des métadonnées EML décrivant les données sur la biodiversité (iii) regrouper à la fois les métadonnées EML et les données au format DwC dans un Archive Darwin Core (DwC-A) (iv) Le GBIF et les agrégateurs nationaux de biodiversité, tels que le Système brésilien d'information sur la biodiversité (SiBBr) (Gadelha et al., 2014), récoltent le DwC-A et les ingèrent dans leurs bases de données. Ce processus est illustré à la figure 4.

3.4.2 Autres workflows de publication de données

De nombreux groupes de recherche ont des données tabulaires sur la biodiversité stockées dans divers formats et n'ont pas les ressources pour les formater selon DwC. Différentes approches en écologie, couplées à des traditions de recherche distinctes, à la fois dans leurs sous-disciplines et dans des domaines connexes, conduisent à la production de données très hétérogènes. Ces données peuvent être, entre autres, des dénombrements d'individus, des mesures de variables environnementales ou des représentations de processus écologiques. Les terminologies utilisées varient également selon l'axe de recherche, ainsi que la manière de structurer numériquement les données (Jones, Schildhauer, Reichman, & Bowers, 2006 ). La norme de métadonnées EML a également été adoptée pour décrire les ensembles de données écologiques. Les ensembles de données eux-mêmes, en raison de l'hétérogénéité, sont publiés dans le format d'origine, via des feuilles de calcul ou des fichiers texte avec des valeurs séparées par des virgules. Dans ces cas, Metacat (Berkley et al., 2001 ) peut prendre en charge la publication et la préservation des données. Il est responsable de la réception, du stockage et de la diffusion des ensembles de données, par exemple, de la recherche écologique à long terme (LTER Michener et al., 2011 ). La base de données brésilienne sur la biodiversité marine (BaMBa Meirelles et al., 2015), par exemple, a été développée pour stocker de grands ensembles de données provenant d'études holistiques intégrées, y compris les paramètres physico-chimiques, microbiologiques, benthiques et halieutiques. BaMBa est lié à SiBBr et possède des instances d'IPT et de Metacat, ce qui permet de publier des données en utilisant les workflows décrits précédemment.

La publication des données, et leur conservation conséquente, est une contribution à la communauté scientifique dans son ensemble. Les données peuvent être réutilisées par d'autres scientifiques qui peuvent les explorer sous d'autres points de vue. Pour l'éditeur des données, des bénéfices peuvent également être observés. Une étude récente (Piwowar & Vision, 2013) montre que les articles qui fournissent les données utilisées dans leurs analyses dans les référentiels publics ont tendance à avoir un plus grand nombre de citations. La publication et la préservation des données peuvent également être utiles lorsque des collections biologiques sont perdues en raison de catastrophes. Le 2 septembre 2018, un incendie catastrophique s'est déclaré au Musée national du Brésil, détruisant la grande majorité d'environ 20 millions d'objets de ses collections comprenant des domaines tels que l'archéologie, l'anthropologie, la zoologie et la botanique. De nombreux objets détruits appartenaient à des collections biologiques, dont un sur les invertébrés. Grâce à la publication de données sur GBIF, 9 le musée a pu conserver des informations sur de nombreux spécimens, 269 660 enregistrements étaient disponibles le 20 septembre 2018, dont beaucoup contenant des images.

3.5 Découverte et intégration des données

La recherche de données pour effectuer des recherches d'analyse et de synthèse de la biodiversité est toujours une tâche difficile. Les développements les plus récents se sont produits avec l'émergence de bases de données qui agrègent des ensembles de données à l'échelle mondiale et nationale telles que GBIF (Edwards, 2000 ), DataONE (Michener et al., 2012 ), SiBBr (Gadelha et al., 2014 ), et speciesLink réseau (Canhos et al., 2015 ). L'utilisation de métadonnées et de normes de publication de données permet aux institutions de mapper les représentations internes de ces informations dans un format clairement spécifié et pouvant être consommé et traité automatiquement par des machines. Les bases de données d'agrégation d'informations sur la biodiversité permettent de rechercher des ensembles de données géographiquement, taxonomiquement et temporellement. Les langages et les environnements d'analyse de données, tels que R et Python, disposent déjà de packages et de bibliothèques intégrés aux référentiels et agrégateurs de données sur la biodiversité. Rgbif, 10 par exemple, est un package pour R qui permet de rechercher et de récupérer des enregistrements directement à partir du GBIF, avec pygbif 11 étant son analogue pour Python.

Souvent, les scientifiques doivent combiner des données provenant de différentes sources dans une recherche intégrative. Par exemple, les données physico-chimiques peuvent être combinées avec des données métagénomiques pour tenter d'établir des corrélations qui expliquent certains processus écosystémiques et leurs implications sur l'efficacité des aires marines protégées (Bruce et al., 2012 Meirelles et al., 2015 ). L'activité consistant à combiner des données provenant de différentes sources est appelée intégration de données et est l'un des domaines de recherche les plus actifs sur la gestion des données scientifiques (Ailamaki, Kantere, & Dash, 2010 König et al., 2019 Miller, 2018 ). Les bases de données existantes sur la biodiversité ont progressé en établissant des normes pour les métadonnées, telles que EML (Fegraus et al., 2005), et pour les données telles que DwC. Cependant, celles-ci se limitent à définir des vocabulaires contrôlés, constitués de termes standardisés dans chacun des thèmes. Une approche plus sophistiquée, impliquant non seulement la définition des termes, mais aussi les relations entre eux et les règles d'inférence, appelées ontologies, fait l'objet de la Web sémantique zone de recherche. Certaines initiatives allant dans ce sens dans le domaine de la biodiversité et de l'écologie incluent des ontologies telles que la Ontologie de l'environnement (ENVO) et le BCO (Walls et al., 2014 ). Les ontologies permettent de croiser différents domaines (Données liées) et des requêtes sémantiques, offrant un outil d'intégration de données considérablement plus puissant que les actuels.


Indication d'accessibilité à partir de points - Systèmes d'Information Géographique

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Lois et traités

Un certain nombre de traités internationaux traitent en partie ou en totalité de la protection des indications géographiques ou des appellations d'origine. Vous trouverez ci-dessous des liens vers les traités pertinents administrés par l'OMPI, ainsi que vers l'Accord de l'Organisation mondiale du commerce sur les aspects des droits de propriété intellectuelle liés au commerce (ADPIC).

Traités pertinents administrés par l'OMPI

Lois et traités sur la propriété intellectuelle (WIPO Lex)

La base de données WIPO Lex est un outil de recherche complet qui vous permet de rechercher des lois nationales et des traités internationaux sur la propriété intellectuelle.


Possibilités d'accès

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À propos de la géographie

La géographie peut prétendre avoir un certain nombre d'objectifs, y compris une compréhension des caractéristiques uniques d'un paysage : les interrelations qui existent entre les peuples ainsi qu'entre l'humanité et son environnement immédiat et tenter d'expliquer les modèles de localisation et l'interaction spatiale ultérieure .

Démêler la myriade d'activités générées par l'existence de l'humanité sur la planète Terre n'est pas une tâche facile. Afin de poursuivre cet objectif, les géographes ont traditionnellement cherché à créer un certain nombre de points de vue académiques différents. Les modes d'enquête géographiques se concentrent sur une appréciation de l'environnement naturel en examinant les complexités du climat et du temps et la géographie physique examine de près les composants physiques des processus paysagers et de la formation du paysage. Une telle enquête exige non seulement une description des caractéristiques physiques, mais aussi une explication de la nature dynamique de l'environnement. La beauté et la majesté de l'environnement naturel peuvent bien conférer à la géographie le privilège des sonnets descriptifs du pouvoir et de la dignité du lieu et pourtant le sujet a une solide assise dans le raisonnement objectif.

Au cours des trente dernières années, la géographie a développé une approche quantitative solide de l'analyse qui permet à la discipline de visualiser le paysage à partir d'une plate-forme objective. La méthodologie statistique fait aujourd'hui partie intégrante du sujet car les complexités de l'étude de l'humanité et du paysage nécessitent des modes d'enquête à la fois subjectifs et objectifs. C'est ce qu'on appelle généralement Systèmes d'information géographique et cela représente souvent la part la plus importante des départements universitaires contemporains. Un système d'information géographique (SIG) nous permet de visualiser, de questionner, d'analyser, d'interpréter et de comprendre les données pour révéler des relations, des modèles et des tendances. La géographie est la science de notre monde et couplée au SIG, la géographie est désormais mieux servie pour nous aider à mieux comprendre la terre et à appliquer les connaissances géographiques à une multitude d'activités humaines. Le résultat est l'émergence de ce que ESRI appelle « l'approche géographique », qui est une façon de penser et de résoudre des problèmes qui intègre l'information géographique dans la façon dont nous comprenons et gérons notre planète. Cette approche nous permet de créer des connaissances géographiques en mesurant la terre, en organisant ces données et en analysant et modélisant divers processus et leurs relations. « L'approche géographique » nous permet également d'appliquer ces connaissances à la façon dont nous concevons, planifions et changeons notre monde. Si vous souhaitez en savoir plus sur les SIG, visitez http://www.esri.com

La géographie, en tant que science spatiale, essaie constamment d'analyser les modèles de localisation et de distribution et les nombreux éléments qui sont entrelacés pour produire un paysage observé dynamique. Il n'est donc pas surprenant que la carte soit un outil si vital dans l'étude de la géographie. Dans toutes les classes, le travail cartographique joue un rôle important et aide l'étudiant à mieux comprendre l'organisation spatiale des paysages humains et physiques.

L'affiche ci-dessous décrit certains des cours que nous proposons régulièrement ici au Bellevue College.


Cours généralement offerts, mais pas au cours de l'année universitaire 2020-2021

EEEB UN1001 Biodiversité. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Dans ce cours, nous utiliserons la génétique, la biologie évolutive et l'écologie pour répondre à trois questions simples : qu'est-ce que la diversité biologique ? Où peut-on le trouver ? Comment peut-on le conserver ? Aucune connaissance préalable des sciences ou des mathématiques n'est supposée.

EEEB UN1005 Séminaire de première année en écologie, évolution et biologie environnementale. 1 point.

Ce cours fournit une brève introduction à l'écologie, à l'évolution et à la biologie environnementale en mettant l'accent sur les concepts clés, la recherche actuelle et les opportunités pour les étudiants de premier cycle. Le cours est dispensé conjointement par le corps professoral du département d'écologie, évolution et biologie de l'environnement (E3B), chaque session couvrant un aspect différent de la recherche et/ou de l'enseignement dans le département. Les étudiants doivent effectuer des lectures hebdomadaires et participer aux discussions en classe et en ligne.

EEEB UN1011 Biologie comportementale des primates vivants. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Prérequis : Co-requis EEEB UN1111

Étude du comportement des primates non humains du point de vue de la phylogénie, de l'adaptation, de la physiologie et de l'anatomie, et de l'histoire de la vie. Se concentre sur les quatre principaux problèmes auxquels les primates sont confrontés : trouver une nourriture appropriée, éviter d'être mangés eux-mêmes, se reproduire face à la concurrence et traiter avec les partenaires sociaux. Avec Origines humaines et évolution, cela sert de classe de base requise pour le programme EBHS.

EEEB UN2002 Biologie environnementale II: Organismes à la biosphère. 4 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Deuxième semestre de séquence d'introduction à la biologie pour les majeures en biologie environnementale et sciences de l'environnement, mettant l'accent sur les aspects écologiques et évolutifs de la biologie. Également destiné aux personnes intéressées par une introduction aux principes de l'écologie et de la biologie évolutive.

EEEB UN3001 La saga de la vie. 4 points.

La mission d'E3B est de former une nouvelle génération de scientifiques et de praticiens à la théorie et aux méthodes de l'écologie, de l'évolution et de la biologie environnementale.Nos programmes éducatifs mettent l'accent sur une perspective multidisciplinaire pour comprendre la vie sur Terre, du niveau des organismes aux processus mondiaux qui soutiennent l'humanité et toute vie.

EEEB UN3011 Biologie comportementale des primates vivants. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Pré-requis : cours d'initiation à la biologie de l'organisme et autorisation du professeur. Co-requis EEEB UN3111

Enquête sur le comportement des primates non humains du point de vue de la phylogénie, de l'adaptation, de la physiologie et de l'anatomie, et de l'histoire de la vie. Concentrez-vous sur les quatre principaux problèmes auxquels les primates sont confrontés : trouver une nourriture appropriée, éviter d'être mangés eux-mêmes, se reproduire face à la concurrence et traiter avec les partenaires sociaux.

EEEB UN3087 Biologie de la conservation. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Prérequis : cours d'introduction à la biologie des organismes, idéalement EEEB UN2002.

Applications des principes biologiques à la conservation de la biodiversité. La biologie de la conservation étant un domaine interdisciplinaire, certaines des dimensions sociales, philosophiques et économiques de la conservation biologique sont également abordées.

EEEB UN3204 Dynamique de l'évolution humaine. 4 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Inscription limitée à 13. La priorité est donnée aux majors/concentrateurs EBHS.

Prérequis : EEEB UN1010 Human Species/HO&E, ANTH UN1007 Origins of Human Society, ou l'équivalent.

Séminaire portant sur les avancées récentes dans l'étude de l'évolution humaine. Les sujets comprennent des points de vue changeants sur l'évolution humaine en ce qui concerne le comportement, la morphologie, la culture et l'évolution des premiers hominidés. [Soit la dynamique de l'évolution humaine, soit les Néandertaliens sont enseignés tous les deux ans.]

EEEB UN3208 Explorations dans l'anatomie des primates. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Enseigné tous les deux ans. Inscription limitée à 14.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Prérequis : EEEB UN1010 ou EEEB UN1011 ou l'autorisation de l'instructeur.

Cours d'introduction en laboratoire à l'anatomie squelettique des primates. Des tarsiers aux talapoins, des guenons aux gibbons, grâce à une expertise pratique, les étudiants explorent l'étonnante gamme et la diversité des membres vivants de cet ordre.

EEEB UN3215 Ostéologie médico-légale. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Enseigné tous les deux ans. Nombre d'inscriptions limité à 15. Priorité donnée en première session de cours aux majors/concentrateurs EBHS.

Prérequis : aucune expérience préalable en anatomie squelettique requise. Ne convient pas aux étudiants qui ont déjà suivi l'EEEB GU4147 ou l'EEEB GU4148.

Une exploration des indices cachés dans votre squelette. Les élèves apprennent les techniques de vieillissement, de sexage, d'évaluation de l'ascendance et des effets de la maladie, des traumatismes et de la culture sur les os humains.

EEEB UN3220 L'évolution de la croissance et du développement humains. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Enseigné par intermittence.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Prérequis : EEEB UN1010 ou ANTH UN1007 ou autorisation du moniteur.

Ce cours explore les questions centrales de la croissance et du développement humains de la naissance à la sénescence. L'accent sera mis sur les facteurs responsables de la variabilité des modèles de croissance humaine actuels ainsi que sur la divergence évolutive d'un modèle uniquement humain par rapport à nos plus proches parents vivants et fossiles.

EEEB UN3240 Défis et stratégies de conservation des primates. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Nombre d'inscriptions limité à 20. Priorité aux étudiants de l'EBHS.

Prérequis : EEEB UN1010 ou EEEB UN1011 ou l'autorisation de l'instructeur.

Dans toute leur aire de répartition, de nombreuses espèces de primates sont au bord de l'extinction. Ce cours examine les questions centrales relatives à la conservation des primates sauvages et explore des stratégies et des solutions pour préserver ces populations menacées. Grâce à l'analyse des traits écologiques et sociaux liés à la vulnérabilité et aux menaces directes et indirectes des activités humaines, les étudiants acquerront une compréhension pratique de la façon de développer des stratégies de conservation réussies, durables et pratiques.

EEEB UN3030 La biologie, la systématique et l'histoire évolutive des « singes ». 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Généralement enseigné tous les deux ans. Inscription limitée à 25.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Prérequis : ouvert aux étudiants de premier cycle qui ont eu EEEB UN1010, EEEB UN1011, ou l'équivalent. Les autres étudiants intéressés devraient parler avec l'instructeur.

Ce cours se concentre sur nos plus proches parents, les singes existants d'Afrique et d'Asie. Nous explorerons la nature et l'étendue de la variabilité morphologique, génétique et comportementale au sein et entre ces formes. À l'aide de ce cadre, nous analyserons ensuite des questions de systématique et retracerons le développement évolutif des hominiodes au cours du Miocène, l'époque qui a vu le dernier ancêtre commun des gibbons, des orangs-outans, des gorilles, des chimpanzés et des humains d'aujourd'hui. Note de synchronisation: Le cours se déroule pendant 2 heures deux fois par semaine. Les films sont projetés pendant les 30 dernières minutes de chaque cours et les étudiants doivent pouvoir rester tout le temps s'ils souhaitent suivre le cours.

EEEB UN3910 Les Néandertaliens. 4 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Offert tous les deux ans/en rotation avec Dynamics of Human Evolution. Nombre d'inscriptions limité à 13. Priorité donnée en première session de cours aux majors/concentrateurs EBHS.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Prérequis : EEEB UN1010 Espèces humaines ou ANTH UN1007.

Cent cinquante ans après sa découverte, les Néandertaliens restent l'un des taxons d'hominidés les plus énigmatiques. Que comprenons-nous aujourd'hui de leur biologie, de leur subsistance, de leur culture, de leurs capacités cognitives et de leur destin éventuel ? Sont-ils simplement des parents éteints ou leurs gènes continuent-ils chez beaucoup d'entre nous aujourd'hui ? Dans ce séminaire, les étudiants examinent de manière critique la recherche primaire alors que nous essayons de trouver des réponses à certaines de ces questions.

EEEB UN3919 Trading Nature: A Conservaton Biology Perspective. 4 points.

Ce cours explore la conceptualisation scientifique et théorique de la nature en tant que marchandise marchande, à travers le prisme de la biologie de la conservation. Les étudiants s'engageront dans une analyse critique des formes «traditionnelles» dans lesquelles la biodiversité a été appropriée comme intrants dans des marchés tels que la pêche, l'extraction des ressources, la viande de brousse et la médecine, ainsi que le nouvel environnementalisme de marché.

EEEB OC3920 Biologie des animaux et des écosystèmes africains. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Ce cours offre à un petit groupe d'étudiants l'opportunité unique d'étudier l'écologie, l'évolution et le comportement des animaux et des écosystèmes africains dans l'un des cadres les plus spectaculaires du monde sur le plan biologique, les savanes riches en faune du Kenya. En plus d'acquérir une formation sophistiquée sur le terrain, la recherche biologique fondée sur des hypothèses, les statistiques, la rédaction et la présentation scientifiques, le cours offre aux participants de nombreuses occasions d'observer et d'étudier une diversité de plantes, d'animaux et leurs interactions. Les conférences comprennent des sujets de base en écologie et en évolution, en mettant l'accent sur les animaux et les écosystèmes africains que les étudiants verront au Kenya. Ce cours fait partie d'un programme d'un semestre à l'étranger en biologie tropicale et durabilité basé au Kenya et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3921 Agriculture et environnement. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Les étudiants compareront la productivité, la diversité et les processus écologiques dans les divers systèmes agricoles du Kenya, notamment les hautes terres et les basses terres, les systèmes à grande et à petite échelle, les cultures céréalières en monoculture, l'agriculture mixte avec cultures et élevage, les systèmes pastoraux, divers systèmes de cultures arboricoles à partir de plantations aux agroforêts multispécifiques et à l'horticulture intensive. Les étudiants passent leur temps au Kenya à apprendre des techniques de pointe pour caractériser les sols, les paysages agricoles et les services écosystémiques. Ils utiliseront ces méthodes dans toute la gamme des systèmes agricoles pour développer des projets comparant divers aspects de ces systèmes et exploreront les questions de durabilité dans les disciplines écologiques, agricoles et des moyens de subsistance. Ce cours fait partie d'un programme d'un semestre à l'étranger en biologie tropicale et durabilité basé au Kenya et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3922 Eau, énergie et écosystèmes. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Le cours fournira une introduction aux principes des sciences hydrologiques et à leur application aux sciences écologiques, en mettant l'accent sur les méthodes d'instrumentation pour caractériser la dynamique hydrologique de surface, souterraine et biologique sur le terrain. Les conférences et les activités sur le terrain aborderont les théories du fonctionnement, de la conception et de la mise en œuvre des méthodes utilisées pour quantifier les modèles et les processus hydrologiques, en mettant particulièrement l'accent sur la caractérisation de la signature biologique et de l'impact écologique de la dynamique hydrologique du paysage. L'accent sera mis sur les applications de la science hydrologique aux questions d'utilisation durable des paysages, de conservation des ressources en eau et de prévention/inversion de la dégradation des terres dans les écosystèmes des terres arides. Ce cours fait partie d'un programme d'un semestre à l'étranger en biologie tropicale et durabilité basé au Kenya et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3923 Écologie et conservation de la savane. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Seulement six pour cent des terres africaines sont protégées, et ces zones sont rarement assez grandes pour soutenir les populations d'animaux sauvages. La plupart du temps, la faune doit partager la terre avec des personnes qui font également face à des défis de survie. Ce cours explorera comment la faune et les gens interagissent au Kenya, où de nouvelles approches de la conservation sont développées et mises en œuvre. Les conférences porteront sur l'écologie des prairies tropicales et les premiers principes qui sous-tendent la conservation et la gestion de ces paysages. Des visites de terrain et des projets examineront la dynamique entre les actions humaines et la conservation de la biodiversité. Ce cours fait partie du programme d'études à l'étranger au Kenya sur la biologie tropicale et la durabilité et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3924 Histoire Naturelle des Mammifères Africains. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Introduction aux concepts, aux méthodes et au matériel d'histoire naturelle comparée, avec les mammifères africains comme organismes focaux. Les perspectives incluent la morphologie, l'identification, l'évolution, l'écologie, le comportement et la conservation. Des observations et des expériences sur une variété d'espèces dans différents habitats et à différentes échelles donneront un aperçu de la valeur adaptative et de la fonction mécaniste sous-jacente des adaptations des mammifères. Ce cours est basé à Laikipia, mais peut voyager vers d'autres sites à travers le Kenya, qui pourraient inclure d'autres conservatoires et ranchs de groupes pastoraux. Ce cours fait partie d'un programme d'un semestre à l'étranger en biologie tropicale et durabilité basé au Kenya et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3925 Développement durable en pratique. 4 points.

Le cours se compose de 6 modules distincts, offerts en rotation de quatre, valant chacun 4 points.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 Biologie environnementale I et II, ou l'autorisation de l'instructeur.

Les étudiants étudieront la théorie et l'application pratique du développement durable, en abordant les problèmes urbains et ruraux au Kenya et dans d'autres zones agro-écologiques diverses d'Afrique de l'Est. Ils commenceront aux Columbia Global Centers/Africa à Nairobi en découvrant les structures administratives et sociopolitiques qui régissent le Kenya et l'Afrique de l'Est, suivis d'une immersion dans l'histoire des Objectifs du Millénaire pour le développement (OMD) des Nations Unies. Les étudiants passeront ensuite du temps à étudier l'agriculture, l'éducation, les infrastructures, l'eau et les problèmes de santé dans d'autres zones urbaines et rurales du Kenya et d'Afrique de l'Est pour comprendre la nécessité d'une approche intégrée du développement durable. Les discussions avec les communautés, le travail sur le terrain, la résolution de problèmes pratiques, les outils SIG, les outils électroniques, la modélisation et la compréhension des contraintes locales constitueront la base de ce cours. Ce cours fait partie d'un programme d'un semestre à l'étranger en biologie tropicale et durabilité basé au Kenya et ne peut pas être suivi séparément sur le campus.

EEEB OC3928 Paléoécologie terrestre. 4 points.

Prérequis : (EEEB UN2001) et EEEB UN2002) ou autorisation de l'instructeur

La paléoécologie terrestre est l'étude de la végétation et des animaux dans les écosystèmes anciens. La paléoécologie de l'Afrique de l'Est est importante car elle peut éclairer le rôle potentiel que le climat a joué dans l'évolution humaine. Ce cours vise à enseigner aux étudiants les principes de la paléoécologie principalement par le biais de travaux sur le terrain, de travaux de laboratoire et de projets de recherche. Dans la première moitié du cours, les étudiants seront initiés aux méthodes de base de l'écosystème moderne de Mpala. Dans le second, ils exploreront le riche dossier de l'évolution humaine dans le bassin du Turkana. Les élèves étudieront les os, les dents, les plantes ou les sols pour reconstruire les écosystèmes modernes et anciens.

EEEB UN3940 Controverses actuelles sur le comportement et l'écologie des primates. 4 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Enseigné tous les deux ans. Inscription limitée à 15.

Prérequis : EEEB UN1011 ou l'équivalent.

Évaluation critique en profondeur de certains problèmes de socioécologie des primates, notamment l'adaptationnisme, la socialité, la compétition sexuelle, la communication, la parenté, la dominance, la cognition et la politique. Met l'accent sur les lectures de la littérature originale.

EEEB UN3994 SÉMINAIRE DE THÈSE SENIOR EBHS. 1,00-3,00 points.

Pré-requis : l'autorisation des instructeurs et un diplôme supérieur en biologie évolutive de l'espèce humaine (EBHS). Séminaire d'un an au cours duquel les majors seniors de l'EBHS développent un projet de recherche et rédigent une thèse senior. Des réunions régulières sont organisées pour discuter des stratégies de recherche et de rédaction, passer en revue les travaux en cours et partager les résultats par le biais de rapports oraux et écrits.

Étude indépendante EEEB UN3998. 1-3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Les étudiants mènent des recherches en biologie environnementale sous la supervision d'un mentor du corps professoral. Le sujet et la portée du projet de recherche doivent être approuvés avant que l'étudiant ne s'inscrive au cours.

EEEB GU4001 Société et Nature en Amazonie. 4 points.

Le bassin amazonien est l'une des plus grandes forêts équatoriales de la planète. Loin d'être un biome intact, l'Amazonie possède une sociobiodiversité riche et stimulante qui peut être appréhendée dans sa singularité depuis l'époque précolombienne. L'histoire, la culture, la politique en corrélation avec l'hydrologie, le climat et l'écologie sont des éléments pour la compréhension des dynamiques contemporaines en Amazonie. Le cours vise une approche interdisciplinaire de l'Amazonie en tant qu'écosystème unique en Amérique latine qui reflète une myradde de questions cruciales pour la compréhension non seulement de l'Amérique du Sud mais de la nature et de la société à l'époque moderne.

EEEB GU4010 La base évolutive du comportement humain. 3 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique
Offert par intermittence.

Prérequis : cours d'introduction à la biologie évolutive, ex. EEEB UN1010, EEEB UN1011 ou EEEB UN2001 , ou l'autorisation de l'instructeur.

Ce cours aborde le rôle de l'évolution dans le comportement social humain contemporain, y compris des sujets tels que la sélection de la parenté, la sélection sexuelle, la parentalité, l'altruisme et les conflits. Les populations explorées comprendront à la fois des sociétés industrialisées et traditionnelles, en mettant l'accent sur l'interaction entre le comportement influencé par l'évolution et le contexte écologique local.

EEEB GU4110 Écologie côtière et estuarienne. 4 points.

CC/GS : accomplissement partiel de l'exigence scientifique

Prérequis : Biologie environnementale I ou l'équivalent.

Les environnements proches du rivage sont extrêmement importants sur le plan écologique, notamment en termes de contribution à la biodiversité, à la productivité primaire et secondaire. L'écologie côtière et estuarienne présente aux étudiants une gamme d'habitats et de biotes côtiers, les processus qui fonctionnent dans ces environnements et les menaces potentielles dues, par exemple, à la destruction et à l'altération de l'habitat, à la surpêche et au changement climatique. La recherche sur le terrain constitue une grande partie du cours et de son évaluation, les étudiants ayant la possibilité d'acquérir des compétences en observation et enquête sur le terrain grâce à plusieurs courtes sorties sur le terrain ou à un voyage d'une semaine dans une station marine dédiée. La structure spécifique du ou des voyages sera déterminée au cours de l'automne, avec plus de détails et des mises à jour régulières répertoriées sur le site Courseworks. Veuillez noter : des sorties occasionnelles sur le terrain les vendredis et samedis sont requises pour ce cours.

EEEB GU4115 Écologie historique. 3 points.

Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Conditions préalables: EEEB W2001 et EEEB W2002 ou l'équivalent.

Ce sera un cours interdisciplinaire qui cherche à comprendre comment les écosystèmes modernes ont été modifiés au cours du passé récent. S'appuyant sur des outils de l'histoire, de l'archéologie, de l'anthropologie, de la paléontologie, de l'océanographie et de l'écologie, ce cours visera à doter les étudiants des compétences nécessaires pour évaluer de manière adéquate les facteurs qui ont influencé la répartition et l'assemblage actuels de la biodiversité dans une zone particulière. Nous appliquerons ces compétences à la compréhension de l'écologie historique de la région de New York et au-delà.

EEEB GU4126 Introduction à la génétique de la conservation. 3 points.

Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Dans ce cours, nous utiliserons des principes génétiques évolutifs et des modèles de génétique des populations pour décrire l'étendue et la distribution de la variation génétique dans les populations et les espèces, et déterminer les moyens de la conserver. Une connaissance de base de la génétique et des mathématiques est supposée.

EEEB GU4150 Écologie théorique. 3 points.

Prérequis : Calcul, Introduction à la Biologie.

Ce cours fournira une introduction à l'écologie théorique. Les sujets incluront la population, la communauté, l'écosystème, les maladies et l'écologie évolutive.Les conférences couvriront les concepts classiques et actuels et les approches mathématiques. Le laboratoire d'analyse numérique couvrira les outils de calcul pour l'analyse numérique et graphique des modèles que nous couvrons en cours, à l'aide de MATLAB. À la fin du cours, les étudiants connaîtront bien les bases de l'écologie théorique et seront capables de lire la littérature sur l'écologie théorique, d'analyser et de simuler des modèles mathématiques, et de construire et d'analyser leurs propres modèles simples.

EEEB GU4210 Herpétologie. 3 points.

Non offert pendant l'année académique 2021-22.

Prérequis : au moins un cours d'introduction à la biologie.

Le cours explore la science de l'herpétologie en trois parties : 1) l'évolution et l'écologie des amphibiens et des reptiles 2) leurs adaptations physiologiques et 3) les exigences de conservation, de gestion, de politique et de surveillance.

EEEB GU4645 CULTURL & DIVERSITÉ BIOLOGIQUE. 3 points.

Pré-requis : l'autorisation du moniteur.

De nombreuses régions du monde à forte diversité biologique ont également des niveaux élevés de diversité linguistique (un indicateur de la diversité culturelle). Ces endroits se trouvent généralement dans des parties du monde qui étaient, jusqu'à tout récemment, aux frontières de l'extraction des ressources, de la migration et de la réinstallation humaines, et de l'expansion du capital. La diversité culturelle, linguistique et biologique est désormais menacée par les mêmes menaces (notamment l'extraction des ressources, la migration et la réinstallation humaines et l'expansion du capital). Ce cours explorera comment différents domaines ont cherché à comprendre et à maintenir les relations réciproques qui s'influencent mutuellement entre les sociétés humaines et leurs environnements. Le terme « diversité bioculturelle » – qui dénote le truisme selon lequel les sociétés humaines influencent et sont influencées par les environnements dont elles font partie – est relativement nouveau (bien que de plus en plus utilisé). Les étudiants seront en mesure de différencier la façon dont différents universitaires et traditions académiques définissent et appliquent la diversité bioculturelle et exploreront son application dans la conservation de la biodiversité et la revitalisation culturelle à travers des études de cas.

Course EEEB GU4700 : L'histoire enchevêtrée d'un concept biologique. 4 points.

Inscription limitée à 15. Priorité donnée aux majors/concentrateurs EBHS.Non offert pendant l'année académique 2021-22.

D'Aristote au recensement américain de 2020, ce cours examine l'histoire de la race en tant que concept biologique. Il explore la relation complexe entre l'étude scientifique des différences biologiques - réelles, imaginées ou inventées et les facteurs historiques et culturels impliqués dans le développement et l'expression des " idées ". [Heure supplémentaire pour les projections de films hebdomadaires dans la seconde moitié du semestre - la présence aux films est obligatoire.] Veuillez noter que ce cours NE remplit PAS l'exigence SC au Collège ou GS.


Voir la vidéo: Perusmatka kahvilaan (Octobre 2021).